工程款结算后，每年支付部分款项，未付款项是否超过诉讼时效需分情况讨论：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于工程款结算的纠纷。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。若自权利受到损害之日起超过二十年，人民法院不予保护，但有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
二、诉讼时效的起算点与中断情形
起算点：
- 若施工合同明确约定了工程款结算时间，到期发包方未结算付款，承包方就知道权利被侵害了，诉讼时效开始计算。
- 若合同未明确约定结算时间，则可能从工程交付、提交竣工结算文件或当事人起诉之日起计算诉讼时效，具体需结合合同履行情况和实际交易习惯判断。
中断情形：
- 在诉讼时效期间内，若承包方每年向发包方提出履行请求（如发送催款函、协商还款计划等），或发包方同意履行义务（如出具还款承诺书），均会导致诉讼时效中断。中断后，诉讼时效期间重新计算三年。
- 关键点：需保留书面证据（如催款函、快递单、还款承诺等），否则可能因无法证明中断事由而丧失时效利益。
三、未付款项是否超时效的判断
若存在中断事由：
- 例如承包方每年均通过书面形式催款，且保留了证据，则诉讼时效会不断中断并重新计算，未付款项未超时效。
- 计算公式：每次中断后，诉讼时效从中断日起重新计算三年。若中断多次，则需以最后一次中断日为起点计算。
若无中断事由：
- 若承包方从未催款，或仅通过口头方式催款且无证据，则诉讼时效从合同约定的结算时间到期日起计算三年。超过三年未起诉的，未付款项可能超时效。
- 风险提示：若发包方在诉讼中提出时效抗辩，且法院查明无中断、中止情形，承包方将丧失胜诉权。
四、法律建议
及时主张权利：
- 承包方应在诉讼时效期间内积极催款，并保留书面证据（如催款函、律师函、还款协议等）。
- 若发包方拖延付款，可考虑通过法律途径（如起诉、申请仲裁）主张权利，避免时效经过。
特殊情况处理：
- 若因不可抗力或其他正当理由导致无法及时催款，可依据《民法典》第一百九十四条申请诉讼时效中止。中止事由消除后，时效期间继续计算。
- 若超过二十年最长保护期，除非有特殊情况并经法院批准延长，否则权利将彻底丧失。
协商与调解：
- 在诉讼前，可尝试与发包方协商还款计划或签订补充协议，以重新确认债务并中断时效。
- 若协商无果，应及时启动法律程序，避免被动。
总结：未付款项是否超时效，需结合合同约定、催款行为及证据保留情况综合判断。建议承包方定期催款并留存证据，必要时咨询律师制定维权策略，以保障自身合法权益。