结论：工程竣工后未进行竣工结算，施工方向法院起诉后撤诉，三年后又起诉，是否超过诉讼时效需分情况讨论，一般情况下可能未超过，但也存在超过的可能性。
分析如下：
诉讼时效的基本规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
撤诉对诉讼时效的影响：
- 撤诉是原告在诉讼过程中，主动撤回其诉讼请求的行为。撤诉后，原诉讼程序终结，但并不意味着原告丧失了再次起诉的权利。
- 关键在于撤诉后，诉讼时效是否重新计算。根据相关法律原则，撤诉通常不会导致诉讼时效的中断或重新计算，除非撤诉是基于与对方达成和解或其他导致诉讼时效中断的法定事由。在一般情况下，撤诉后诉讼时效继续计算。但在此案例中，由于施工方在撤诉后三年才再次起诉，我们需要考虑这三年期间是否发生了诉讼时效中断或中止的情形。
三年后再次起诉是否超过诉讼时效：
- 若撤诉后三年内未发生诉讼时效中断或中止的情形：则从工程竣工（或应结算而未结算之时，具体取决于何时权利受到损害）起算，若已超过三年，则可能超过诉讼时效。但需注意，若施工方在撤诉后曾向对方主张过权利（如发送催款函、进行协商等），且这些行为能够构成诉讼时效中断的法定事由，则诉讼时效可能从中断时起重新计算。
- 若撤诉后三年内发生了诉讼时效中断或中止的情形：如施工方在撤诉后向对方发送了催款函，或者双方进行了协商并达成了某种协议（即使未最终履行），这些行为都可能构成诉讼时效的中断。中断后，诉讼时效从中断时起重新计算三年。因此，在这种情况下，三年后再次起诉可能并未超过诉讼时效。
特殊情况下的诉讼时效：
- 如果工程竣工后，双方对结算问题有特别约定（如约定了结算期限或诉讼时效的特别规定），则应按照约定执行。
- 另外，如果施工方在撤诉后，对方明确表示拒绝结算或支付工程款，且这一表示构成了对施工方权利的明确侵害，那么诉讼时效可能从对方明确表示拒绝之日起计算。
建议：
- 施工方应尽快收集相关证据，包括工程合同、竣工验收报告、催款函、协商记录等，以证明自己的权利受到损害的时间以及是否存在诉讼时效中断或中止的情形。
- 如有必要，施工方可以咨询专业律师，对具体案情进行详细分析，以确定是否超过诉讼时效以及如何采取进一步的法律行动。
可能后果：
- 如果超过诉讼时效，施工方可能失去通过法律途径强制对方结算和支付工程款的权利。
- 如果未超过诉讼时效，施工方可以继续通过法律途径维护自己的合法权益。
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