工程款已经竣工并结算的情况下，诉讼时效的起算时间主要依据合同约定及实际交付、提交竣工结算文件的时间来确定。以下是对此问题的详细分析：
合同有约定付款时间的情况：
- 起算时间：当施工合同中明确约定了发包人支付工程款的时间时，诉讼时效从该约定时间的次日（即付款期限届满之日的次日）开始计算。
- 示例：若合同约定工程竣工验收合格后30日内支付工程款，而工程于2023年1月1日验收合格，则甲方应在2023年1月31日前支付。若未支付，诉讼时效从2023年2月1日起算。
合同未约定或约定不明确的情况：
- 法律依据：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》（2020年修正）第二十七条。
- 起算时间：
- 建设工程已实际交付：交付之日视为应付款时间，诉讼时效从交付之日的次日开始计算。例如，若工程于2023年5月10日实际交付，且双方未约定付款时间，则诉讼时效从2023年5月11日起算。
- 建设工程未交付，但提交了竣工结算文件：提交竣工结算文件之日视为应付款时间，诉讼时效从提交之日的次日开始计算。例如，若承包人于2023年8月15日提交竣工结算文件，发包人未及时付款，则诉讼时效从2023年8月16日起算。
- 建设工程未交付且工程价款未结算：此时，当事人起诉之日视为应付款时间，诉讼时效从起诉之日向前推算三年（在适用三年诉讼时效的情况下）作为起算点。例如，若承包人在2024年10月1日起诉，则诉讼时效从2021年10月1日起算。
特殊情况：
- 工程质量存在争议：诉讼时效的起算可能会受到影响，一般从质量争议解决后，确定发包人应付工程款之日起计算。
- 达成还款协议或新的付款约定：若双方就工程款支付达成了新的协议，诉讼时效从新约定的付款期限届满之日的次日重新计算。例如，若双方于2023年11月1日达成新协议，约定2024年3月1日前支付，则诉讼时效从2024年3月2日起算。
法律建议：
- 及时主张权利：在诉讼时效期间内，承包人应积极采取行动，如发送催款通知、提起诉讼等，以中断诉讼时效，避免因超过时效而丧失胜诉权。
- 保留证据：承包人应妥善保管好合同、验收报告、竣工结算文件等相关证据，以便在诉讼中证明自己的主张。
- 关注特殊情况：如遇到工程质量争议或达成新的付款协议等特殊情况，承包人应及时咨询专业律师，了解诉讼时效的起算时间及可能的影响。
法律后果：
- 若承包人未在诉讼时效期间内主张权利，且不存在诉讼时效中断或中止的情形，则可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权，即法院将不再保护其请求支付工程款的权利。
综上所述，工程款已经竣工并结算的情况下，诉讼时效的起算时间需根据合同约定、实际交付或提交竣工结算文件的时间以及是否存在特殊情况来确定。承包人应密切关注诉讼时效的相关规定，及时行使权利，以确保自身权益得到有效保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。