公司以违反规章制度为由扣款工资，这一行为是否合法需分情况讨论：

1. 规章制度本身的合法性
   根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需满足三个条件才合法：

   • 民主程序制定：需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定；
     
   • 内容合法：不得违反法律、行政法规及政策规定（如最低工资标准、加班费支付等）；
     
   • 公示告知：需通过培训、签字、邮件等方式明确告知员工。
     若规章制度未满足上述条件，公司以此扣款可能被认定为违法。

2. 扣款金额的合理性
   即使规章制度合法，扣款仍需符合以下限制：

   • 不得超过当月工资的20%：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工过错造成损失的，每月扣款不得超过工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 需与损失直接相关：公司需证明扣款与员工违规行为导致的实际损失存在因果关系（如财务人员违规操作导致公司损失，可按比例扣款）。
     若扣款金额超出法定比例或与损失无关，员工有权要求返还差额。

3. 员工违规行为的证据充分性
   公司需承担举证责任，证明员工存在违规行为（如考勤记录、监控录像、书面警告等）。若证据不足或程序违规（如未提前告知违规后果），扣款可能被撤销。

建议行动步骤：

1. 核查规章制度：要求公司提供制度文本，确认是否经民主程序制定、内容是否合法、是否已公示；
   
2. 核对扣款明细：要求公司出具书面扣款通知，明确扣款依据、金额及计算方式；
   
3. 协商或投诉：若公司行为违法，可先协商要求返还扣款；协商无果的，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
   
4. 保留证据：保存工资条、扣款通知、规章制度文本、沟通记录等材料，以备维权使用。

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