违反公司制度扣工资，并非在所有情况下都合法。具体是否合法，需要根据实际情况和相关法律法规来判断。

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
   • 《工资支付暂行规定》第十六条指出：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”

2. 可以扣工资的情况及限制：

   • 如果员工因个人工作失误或故意行为给公司造成了经济损失，且劳动合同中有明确约定可以从工资中扣除赔偿，那么公司可以在一定范围内扣除员工的工资作为赔偿。但扣除的金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 用人单位可以依法代扣代缴应由员工负担的各项社会保险费用、个人所得税及其他应扣除的费用，以及法院裁判要求代扣的抚养费、赡养费等。

3. 不可以扣工资的情况：

   • 公司不得以任何名义对员工进行罚款，除非有明确的法律依据或劳动合同中的特别约定。
   • 对于员工迟到、早退等违反公司规章制度的行为，如果未造成实际经济损失，公司通常无权直接从工资中扣除款项作为惩罚。
   • 即使员工因过错给公司造成了经济损失，公司扣除其工资时也必须遵守法律规定的限额和程序。

4. 建议与注意事项：

   • 公司应建立健全的规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施，并确保这些制度经过民主程序制定并公示。
   • 在处理员工违反公司制度的问题时，公司应确保所有操作都符合法律法规的要求，避免引发劳动纠纷。
   • 如果员工认为公司扣工资的行为不合法，可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。

综上所述，违反公司制度扣工资是否合法，需要根据具体情况和相关法律法规来判断。如果公司有扣工资的行为，员工应了解自己的权益和公司的规章制度，必要时可以寻求法律途径来维护自己的合法权益。