用人单位以员工违反规章制度为由扣除工资，这一行为是否合法需分情况讨论：
规章制度合法有效且员工确实违反：
- 规章制度需满足的条件：根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位的规章制度必须内容合法、程序民主（如经过职工代表大会或全体职工讨论、协商确定）、公示或告知劳动者。若规章制度满足这些条件，则具有法律效力。
- 扣除工资的限制：即便员工违反了合法有效的规章制度，用人单位扣除工资也需遵循一定限制。一般来说，扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。这是为了保护劳动者的基本生活需求。
- 实例说明：假设某公司规章制度规定，员工迟到一次扣除当月工资的5%。若该规章制度合法有效，且员工确实迟到，则公司可以按照此规定扣除工资，但扣除总额不得超过当月工资的20%，且剩余工资不得低于最低工资标准。
规章制度不合法或员工未违反：
- 规章制度不合法的情形：若规章制度内容违法（如规定员工需缴纳押金、罚款等）、程序不民主或未公示告知劳动者，则该规章制度不具有法律效力。
- 员工未违反规章制度的情形：若用人单位以员工违反规章制度为由扣除工资，但员工实际上并未违反，或用人单位无法证明员工违反，则用人单位的行为构成违法。
- 法律后果：在这两种情况下，用人单位扣除工资的行为均属违法，员工有权要求用人单位补发被扣除的工资，并可能依据《劳动合同法》等相关规定，要求用人单位支付经济补偿或赔偿金。
建议：
- 对用人单位：在制定和执行规章制度时，务必确保规章制度内容合法、程序民主，并公示或告知劳动者。同时，在扣除员工工资时，需严格遵守相关法律法规的限制，避免违法扣除。
- 对员工：若用人单位以违反规章制度为由扣除工资，员工应首先核实规章制度的合法性和自己是否确实违反。若认为用人单位的行为违法，可与用人单位协商解决；协商无果的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能涉及的法律条款：
- 《劳动合同法》第四条：用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 《工资支付暂行规定》第十六条：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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