用人单位以员工违反规章制度为由拖欠工资是不合法的。

首先，从法律角度来看，《劳动法》及《劳动合同法》均明确规定，用人单位应当按照约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是用人单位的基本义务，不得随意违反。即使员工违反了单位的规章制度，用人单位也不能以此为由拖欠工资。

其次，如果员工确实违反了规章制度，用人单位有权依据规章制度对员工进行相应的处理，比如警告、罚款、解除劳动合同等。但这些处理措施并不包括拖欠工资。用人单位应当通过合法途径来解决员工违规问题，而不是采取拖欠工资这种违法手段。

最后，如果用人单位以员工违反规章制度为由拖欠工资，员工可以通过多种途径来维护自己的合法权益。比如，可以向劳动监察部门投诉，要求用人单位支付拖欠的工资；也可以提起劳动仲裁或诉讼，通过法律程序来追讨工资。

综上所述，用人单位以员工违反规章制度为由拖欠工资是不合法的。员工在面对这种情况时，应当积极采取措施来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。