结论：公司因配合警察调查导致员工不能正常上班，是否应发底薪需分情况讨论，主要取决于员工不能正常上班的原因是否可归责于公司以及双方劳动合同或公司规章制度的具体规定。
分析如下：
若员工不能正常上班可归责于公司：
- 在这种情况下，由于公司的原因（配合警察调查）导致员工无法正常提供劳动，公司应当承担相应的责任。根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在非因本人原因造成停工的情况下，公司应支付员工一定的生活费或工资，具体数额可能依据地方性法规或公司规章制度有所不同，但通常至少应保证员工的基本生活需求。若双方劳动合同或公司规章制度中有明确规定在此类情况下应支付底薪，则公司应按照约定执行。
若员工不能正常上班不可归责于公司，但公司有义务保障员工基本权益：
- 即便员工不能正常上班的原因不完全可归责于公司（例如，警察调查是出于公共安全需要，且公司已尽到合理协助义务），但公司作为雇主，仍有义务保障员工的基本权益。在这种情况下，公司可以与员工协商，根据实际情况支付一定的生活费或调整工资支付方式。若双方能够达成一致，则按照协商结果执行；若无法达成一致，则可能需要根据地方性法规或行业惯例来判断公司是否应支付底薪。
劳动合同或公司规章制度有明确规定：
- 如果双方劳动合同或公司规章制度中明确规定了在此类情况下（公司因配合外部调查导致员工停工）的工资支付方式，那么公司应严格按照约定执行。这既是对员工权益的保障，也是对公司管理秩序的维护。
建议：
- 查阅劳动合同和公司规章制度：首先，员工应查阅自己的劳动合同和公司规章制度，了解在此类情况下的工资支付规定。
- 与公司协商：如果合同或制度中没有明确规定，员工可以与公司进行协商，寻求合理的解决方案。
- 寻求法律援助：如果协商无果，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师（如我），了解自己的权益和可能的维权途径。
可能后果：
- 如果公司拒绝支付底薪且没有合理依据，员工可能有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼，要求公司支付相应的工资或生活费。
- 公司如果违反相关法律法规或劳动合同约定，可能面临法律制裁或声誉损失。
总结：公司因配合警察调查导致员工不能正常上班时，是否应发底薪需根据具体情况判断。员工应首先查阅劳动合同和公司规章制度，了解相关规定；若无明确规定，则与公司协商或寻求法律援助以维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。