公司有权依据相关规定对员工进行处理，包括不发工资或解除劳动合同。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 员工隐瞒案底的法律后果

1. 诚实信用原则：在劳动关系中，员工应遵守诚实信用原则，如实告知与劳动合同直接相关的基本情况。案底作为可能影响员工诚信和职业操守的重要因素，员工在入职时应主动告知。
2. 公司规章制度：多数公司会在规章制度中明确规定，员工需如实提供个人信息，包括是否有犯罪记录等。员工隐瞒案底，违反了公司规章制度，公司有权依据规定进行处理。

二. 公司知道案底后的处理方式

1. 依据规章制度处理：公司发现员工隐瞒案底后，可根据规章制度的规定，对员工进行相应处理，如警告、罚款、不发工资、解除劳动合同等。
2. 考虑案底与岗位关联性：公司在处理时，还会考虑案底与岗位的关联性。如果案底与岗位性质、职责等无直接关联，且员工在工作期间表现良好，公司可能会采取较为宽容的处理方式；反之，如果案底与岗位密切相关，或员工在工作期间存在不良行为，公司可能会采取更为严厉的措施。

三. 法律对公司的保护

1. 劳动法规定：根据《劳动法》的相关规定，员工严重违反劳动纪律或用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。隐瞒案底属于违反劳动纪律和规章制度的行为，公司有权据此解除劳动合同。
2. 公司权益保护：公司有权保护自身的合法权益，包括确保员工队伍的纯洁性和稳定性。员工隐瞒案底，可能给公司带来潜在的风险和损失，公司有权采取相应措施进行防范和补救。

综上所述，员工隐瞒案底，公司在知道后有权依据相关规定进行处理，包括不发工资或解除劳动合同。因此，建议员工在入职时如实告知个人信息，避免不必要的纠纷和风险。同时，公司也应完善规章制度，明确员工告知义务和违规处理措施，以维护自身的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。