公司刑事案件中员工是否会有案底，主要取决于员工在案件中的具体行为及其法律后果。以下是对此问题的详细分析：
员工未参与犯罪行为
- 如果员工对公司涉及的刑事案件完全不知情，且没有实施任何与犯罪相关的行为（如协助、策划、实施等），那么员工不会被认定为犯罪。既然没有犯罪认定，员工自然就不会留下案底。案底通常指的是有过刑事犯罪前科的档案记录，这是由公安部门保存的。
员工参与犯罪行为但情节显著轻微
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，如果员工虽然参与了公司的一些看似与犯罪有关的活动，但综合全案情节来看，其行为情节显著轻微且危害不大，那么司法机关将不认为其构成犯罪。在这种情况下，员工同样不会留下案底。
员工参与犯罪行为且构成犯罪
- 刑事责任：若员工明知公司在实施犯罪行为，仍然积极参与其中（如协助实施犯罪、提供犯罪工具、转移犯罪所得等），并且其行为达到刑法规定的犯罪标准，经法院审判定罪量刑后，员工将会留下案底。这是因为员工的行为已被认定为刑事犯罪，并受到了相应的刑事处罚。
- 行政处罚与记录：值得注意的是，即使员工的行为未构成犯罪，但如果因其参与公司犯罪活动而受到了行政处罚（如拘留、罚款等），虽然在通常所说的“案底”中不会体现，但在公安机关的治安部门中，对于因违反治安管理处罚法而被处罚的人也会保留相关记录。这些记录虽然不同于刑事案底，但在特定情况下也可能对员工的个人信誉和职业发展产生影响。
法律背景与建议：
- 案底的存在对个人会产生长期影响，特别是在就业、入伍、出国等方面。一些特定的工作岗位，特别是涉及国家安全、重要公共安全、金融等领域，会对求职者的犯罪记录进行严格审查，有案底者可能会受到限制。
- 因此，员工应时刻保持警惕，避免参与公司任何形式的犯罪活动。如果发现自己可能涉及公司犯罪，应立即停止相关行为，并主动向公安机关说明情况，争取从轻或减轻处理。
可能法律后果：
- 如果员工被认定构成犯罪，除了留下案底外，还可能面临刑事处罚，如有期徒刑、罚金等。
- 如果员工因参与公司犯罪活动而受到行政处罚，虽然不会留下刑事案底，但相关记录仍可能对个人信誉和职业发展产生不利影响。
综上所述，公司刑事案件中员工是否会有案底，取决于员工在案件中的具体行为及其法律后果。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。