公司解除劳动关系时，赔偿标准是基于劳动者的综合工资来计算，而非基本工资。这一结论主要依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，以下从不同角度为您详细分析：

一、法律规定

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，是综合性的，包括了劳动者应得的所有货币性收入，如基本工资、计时或计件工资、奖金、津贴、补贴等。

二、计算方式

1. 经济补偿金计算：

   • 经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年按一年计算，不满六个月支付半个月工资）。
   • 例如，如果劳动者在公司工作了3年6个月，月工资为5000元（包括基本工资、奖金等所有货币性收入），那么经济补偿金就是3.5个月 × 5000元/月 = 17500元。

2. 特殊情形下的计算：

   • 如果劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
   • 如果用人单位违法解除劳动合同，即没有合法理由而进行裁员，那么它需要按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

三、实际案例

假设某劳动者在合同解除前的十二个月内，除了基本工资外，还有业绩提成、加班工资、餐补等其他收入。在计算经济补偿金时，这些收入都必须纳入计算平均工资的范畴。这样的规定旨在更全面地反映劳动者的实际收入水平，确保其在失业后能够获得合理的经济保障。

四、注意事项

1. 程序合法性：公司在解除劳动关系时，必须确保程序合法，如提前30日书面通知或支付代通知金，并通知工会等。
2. 个税处理：经济补偿金在当地职工平均工资3倍以内的部分免税，超出部分需按个人所得税规定缴纳。
3. 争议解决：如果劳动者对补偿金额有异议，可以向劳动仲裁机构申请仲裁或提起诉讼，维护自身合法权益。

综上所述，公司解除劳动关系时的赔偿标准是基于劳动者的综合工资来计算。在面对此类问题时，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。