公司薪资结构变了，加班费也变了，是否合理需要分情况讨论：
如果薪资结构调整经过合法程序，且加班费计算方式符合法律规定：
- 薪资结构的调整，包括加班费的计算方式，如果经过了公司内部的民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定），并且调整后的加班费计算方式不低于当地最低工资标准，也不低于按照国家规定计算的加班费标准，那么这种调整是合法的，也是合理的。
- 例如，公司原本按照基本工资的150%计算加班费，现在调整为按照基本工资加上绩效奖金的总额的150%计算加班费，只要这个调整过程合法，且计算后的加班费不低于法定标准，就是合理的。
如果薪资结构调整未经过合法程序，或加班费计算方式不符合法律规定：
- 如果薪资结构的调整没有经过公司内部的民主程序，或者调整后的加班费计算方式低于当地最低工资标准，或者低于按照国家规定计算的加班费标准，那么这种调整是不合法的，也是不合理的。
- 例如，公司未经职工同意，擅自将加班费计算方式从基本工资的150%降低为100%，这种调整就是不合法的，员工有权要求公司按照法定标准支付加班费。
法律背景与建议：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果员工认为公司的薪资结构调整或加班费计算方式不合理，可以先与公司进行协商，要求公司按照法定标准支付加班费。如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司未经合法程序调整薪资结构或加班费计算方式，且被劳动监察部门或劳动仲裁机构认定为违法，公司可能需要承担补发加班费、支付经济补偿金等法律责任。
总结与进一步思考：
- 薪资结构调整和加班费计算方式的变更，直接关系到员工的切身利益，公司必须谨慎对待，确保调整过程合法合规。
- 员工在面对薪资结构调整或加班费计算方式变更时，应了解自己的权益，积极与公司沟通协商，必要时寻求法律帮助。
如果您在薪资结构调整或加班费计算方面遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。