针对您提出的“公司员工患有慢性疾病且本人不愿意续签合同”的问题，这确实是一个涉及法律法规与员工权益的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、核心原则
首先，我们要明确的是，无论员工是否患有慢性疾病，其续签或拒绝续签劳动合同的权利都应得到尊重。但同时，用人单位也需确保在处理此类问题时，严格遵守相关法律法规，特别是关于医疗期、经济补偿等方面的规定。
二、医疗期内的处理
医疗期规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，可享受一定期限的医疗期，这个期限根据员工的实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定，从三个月到二十四个月不等。
合同顺延：
- 若员工的劳动合同到期时正处于医疗期内，那么劳动合同应自动延续至医疗期满。在此期间，用人单位不得以合同到期为由解除劳动合同，即使员工本人表示不愿意续签，也应尊重其医疗期的权益，待医疗期满后再行处理。
三、医疗期满后的处理
员工能力评估：
- 医疗期满后，用人单位应对员工的工作能力进行评估。如果员工仍无法从事原工作或由用人单位另行安排的工作，那么用人单位在依法支付经济补偿和可能的医疗补助费后，可以考虑解除劳动合同。
经济补偿与医疗补助费：
- 经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 对于患有慢性疾病且病情较重的员工，用人单位还需根据具体情况支付额外的医疗补助费，具体比例可能因地区和政策而异，但通常患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十。
四、员工意愿与沟通
尊重员工意愿：
- 尽管员工患有慢性疾病，但其拒绝续签劳动合同的意愿仍应得到尊重。用人单位不应强迫员工续签合同，而应通过积极沟通，了解员工的真实想法和需求。
探索解决方案：
- 在员工表示不愿意续签合同的情况下，用人单位可以与员工探讨其他可能的解决方案，如调整工作岗位、提供培训支持等，以帮助员工更好地适应工作环境或找到更适合的工作。
五、法律建议与风险防范
咨询专业法律顾问：
- 在处理此类复杂问题时，用人单位应咨询专业法律顾问或律师，确保决策合法合规，避免潜在的法律风险。
保持积极沟通：
- 与员工保持积极、开放的沟通是解决问题的关键。通过沟通，用人单位可以更好地了解员工的需求和困难，从而找到更合适的解决方案。
综上所述，对于患有慢性疾病且不愿意续签劳动合同的员工，用人单位应严格遵守相关法律法规，尊重员工的意愿和权益，同时通过积极沟通与协商，寻找最佳解决方案。这样既能保障员工的合法权益，也能维护用人单位的正当利益。