结论：上六休一的工作制度下，员工是否可以仲裁加班费，取决于具体的工作时长和加班情况。若员工每周工作超过40小时，且超出部分未得到合理补偿，则可以申请劳动仲裁要求支付加班费。
分析说明：
法定工作时间与加班定义：
- 根据我国《劳动法》的规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过40小时。超出这个时间的工作，即被视为加班。
- 在上六休一的工作制度下，如果员工每周工作6天，每天工作8小时，那么每周总工作时间为48小时，超出了法定的40小时工作时间，超出部分即为加班。
加班费的支付标准：
- 根据《劳动法》第四十四条，安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
- 在上六休一且每周工作48小时的情况下，员工有权要求用人单位支付超出40小时部分的加班费，具体为超出部分每小时工资的150%（如果是工作日加班）或200%（如果是休息日加班且未安排补休）。
劳动仲裁的申请条件：
- 当员工认为自己的加班费未得到合理支付时，可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如工作记录、考勤表、工资单等，以证明自己的加班情况和未得到合理补偿的事实。
特殊场景：
- 如果用人单位与员工在劳动合同中明确约定了上六休一的工作制度，并且该制度不违反法律法规的强制性规定（即每周总工作时间不超过40小时，或超出部分已得到合理补偿），则员工可能无法直接申请劳动仲裁要求支付加班费。但这种情况较为罕见，因为通常上六休一的工作制度会涉及加班。
行动建议：
- 收集证据：员工应保留好与加班相关的所有证据，如工作记录、考勤表、工资单等，以便在申请劳动仲裁时提供证明。
- 与用人单位协商：在申请劳动仲裁前，员工可以尝试与用人单位协商解决加班费问题，看是否能够达成一致意见。
- 申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付加班费。
法律后果：
- 如果劳动争议仲裁委员会认定员工确实存在加班且未得到合理补偿的情况，用人单位将被要求支付加班费及可能的滞纳金或赔偿金。
- 如果用人单位拒绝执行仲裁裁决，员工还可以向人民法院申请强制执行。
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