结论：公司打卡缺卡一次扣一天工资的做法，不一定合法，具体是否合法需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规来综合判断。
从公司规章制度和劳动合同角度分析
规章制度合法性：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司的打卡制度（包括缺卡扣薪的规定）未经上述民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么该制度可能不具备法律效力，公司不能据此扣减工资。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了缺卡扣薪的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司有权按照合同约定执行。但需要注意的是，即使合同中有约定，如果扣减的工资数额过高，超出了合理范围，也可能被认定为违法。
从相关法律法规角度分析
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 如果公司因员工缺卡一次就扣减一天工资，且未证明该缺卡行为给公司造成了实际经济损失，或者扣减的工资数额超过了合理范围（如超过了当月工资的20%），那么这种做法可能违法。
最低工资保障：
- 根据《劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
- 如果公司因缺卡扣减工资后，员工的实际工资低于当地最低工资标准，那么这种做法显然违法。
法律建议
审查公司规章制度和劳动合同：
- 员工应仔细审查公司的打卡制度以及劳动合同中关于缺卡扣薪的条款，确认其是否合法、合理。
与公司协商：
- 如果认为公司的扣减工资做法不合法或不合理，员工可以与公司进行协商，要求公司纠正错误做法。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
示例：假设某员工的月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。如果公司因该员工缺卡一次就扣减一天工资（假设一天工资为200元），那么扣减后的工资为4800元，仍高于最低工资标准。但如果公司扣减的工资数额更高，或者该员工的月工资本身就接近最低工资标准，那么扣减后可能低于最低工资标准，此时公司的做法就违法了。
后续行动建议：如果你遇到了类似的情况，建议先与公司进行沟通协商，如果无法解决问题，可以向我咨询具体的法律途径和维权策略。