上班缺五次卡扣工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度合法且明确缺卡扣款规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若公司规章制度中明确规定了缺卡的扣款标准，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），且已向劳动者公示或告知，那么公司按照规章制度扣款可能是合法的。
   • 但需注意：扣款金额需合理，不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若扣款金额过高或违反上述规定，则可能构成违法。

2. 若公司规章制度未规定缺卡扣款或规定不合法：

   • 如果公司规章制度中未明确规定缺卡扣款，或者规定的扣款方式、金额等违反法律法规（如扣款金额过高、未公示等），则公司无权因缺卡而扣款。
   • 在此情况下，公司扣款行为可能构成对劳动者权益的侵害，劳动者有权要求公司返还被扣的工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 若缺卡非劳动者原因导致：

   • 如果缺卡是由于公司原因（如考勤系统故障、未及时通知等）或不可抗力因素（如自然灾害、交通管制等）导致的，那么公司无权因此扣款。
   • 劳动者在此情况下应保留相关证据（如考勤系统故障记录、通知记录等），以便在发生争议时证明自己的清白。

法律建议：

• 劳动者应仔细阅读公司规章制度，了解其中关于考勤和扣款的规定。
• 若认为公司扣款行为违法或不合理，可先与公司协商解决；协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 在处理此类纠纷时，劳动者应保留好相关证据（如考勤记录、工资条、规章制度等），以便在需要时提供证明。

可能后果：

• 若公司扣款行为合法且合理，劳动者需接受扣款；若认为扣款不合理，可通过法律途径维护自己的权益。
• 若公司扣款行为违法或不合理，可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁的败诉风险，同时需返还被扣的工资并可能支付赔偿金。

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