缺卡扣半天工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度合法且缺卡行为被明确界定为旷工：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权依据合法制定的规章制度对员工的旷工行为进行处罚。若公司规章制度中明确规定了缺卡即视为旷工，并且该旷工行为对应半天工资的扣除，同时该规章制度已经过民主程序制定并公示，或已告知劳动者，那么公司扣半天工资的行为在合法范围内。但需注意，扣除的工资数额应合理，不得超过法定限度，即扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。

2. 若公司规章制度不合法或未明确缺卡行为：

   • 如果公司的规章制度未经民主程序制定、未公示或未告知劳动者，或者规章制度中并未明确将缺卡行为界定为旷工，那么公司因缺卡而扣半天工资的行为可能不合法。此时，劳动者有权要求公司补发被扣除的工资，并可向当地劳动监察机构投诉或提起劳动仲裁。

3. 若缺卡行为有合理原因且公司未予考虑：

   • 如果劳动者因合理原因（如突发疾病、紧急家庭事务等）导致缺卡，并且已及时向公司说明情况，但公司仍坚持扣半天工资，那么这种行为可能不合法且不合理。劳动者有权要求公司根据实际情况进行酌情处理，并可寻求法律途径维护自己的合法权益。

法律建议：

• 首先，劳动者应仔细查阅公司的规章制度，了解其中关于缺卡和旷工的规定。
• 其次，如果认为公司的扣款行为不合法或不合理，可先与公司进行协商，尝试达成和解。
• 若协商无果，劳动者可向当地劳动监察机构投诉，并提供相关证据（如考勤记录、规章制度、沟通记录等）以支持自己的主张。
• 必要时，劳动者还可提起劳动仲裁或诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司的扣款行为被认定为不合法，那么公司可能需要补发被扣除的工资，并可能面临劳动行政部门的处罚。
• 对于劳动者而言，如果因缺卡被错误扣款，通过法律途径维权成功后，可获得相应的经济补偿。

总之，缺卡扣半天工资是否合法需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。