结论前置：公司因缺卡扣半天工资的做法通常是不合法的，你可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
公司扣工资的合法性分析：
- 根据《劳动法》及相关规定，公司不得随意扣除员工的工资。工资是员工提供劳动后应得的报酬，公司应当按照劳动合同约定的时间和标准支付。
- 缺卡本身并不构成公司扣工资的合法理由。除非公司有明确的规章制度，并且该规章制度已经经过民主程序制定、公示或告知员工，同时缺卡行为确实给公司造成了实际损失，且损失金额与扣除的工资数额相当，否则公司无权因缺卡而扣除员工工资。
应对措施：
- 与公司协商：首先，你可以尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司扣工资的具体原因和依据，并表达你的异议和诉求。如果公司能够提供合理的解释和证据，并且你认可该解释和证据，那么可以考虑接受公司的处理方式；如果公司无法提供合理的解释和证据，或者你不认可公司的处理方式，那么可以继续采取其他措施。
- 向劳动监察部门投诉：如果与公司协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查和处理，并可以要求公司补发被扣除的工资。
- 申请劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的诉求，或者公司拒绝执行劳动监察部门的处理决定，你可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁。劳动仲裁机构将依法对争议进行裁决，并可以要求公司支付被扣除的工资及可能的赔偿金。
注意事项：
- 在采取任何措施之前，建议你先收集并保存好相关证据，如劳动合同、工资条、缺卡记录、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。
- 在与公司的沟通过程中，保持冷静和理性，避免情绪化的表达和行为，以免加剧矛盾或影响问题的解决。
- 如果对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到充分保障，可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师（虽然此处我作为律师已经给出了建议，但在实际操作中，如果情况复杂或涉及金额较大，寻求专业律师的协助仍然是一个明智的选择，不过在此情境下，你已直接向我咨询，我会尽力提供全面的帮助）。
最后，如果你还有其他关于劳动法律方面的问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细、更专业的法律建议。