结论：打卡打晚了扣工资是否合法，需根据具体情况判断。若公司规章制度合法且已告知员工，同时扣款未超出法定限度，则可能合法；反之，则可能不合法。
详细分析：
公司规章制度的角度：
- 合法性要求：公司规章制度作为管理员工的依据，必须符合法律法规的规定，且需经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论、协商确定），并向员工公示或告知。若公司规章制度中明确规定了打卡迟到扣工资的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，同时公司已按照法定程序向员工进行了公示或告知，那么该条款在法律上可能是有效的。
- 扣款限制：即便公司规章制度合法且已告知员工，扣款也需遵循一定的限度。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。因此，如果打卡迟到并未直接导致公司经济损失，或者扣款金额超出了上述法定限度，那么公司的扣款行为可能是不合法的。
劳动合同的角度：
- 合同约定：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确约定了打卡迟到扣工资的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么该条款对双方均具有约束力。但同样，扣款也需遵循上述法定限度。
实际操作的角度：
- 证据保留：如果员工认为公司的扣款行为不合法，应保留好相关证据，如工资条、打卡记录、公司规章制度等，以便在必要时维护自己的合法权益。
- 协商与投诉：员工可以先尝试与公司进行协商，寻求合理的解决方案。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还被非法扣除的工资。
建议：
- 对于员工：如果遇到打卡迟到被扣工资的情况，应首先查看公司规章制度和劳动合同中是否有相关约定，并评估扣款的合法性。如果认为扣款不合法，可以与公司协商或向相关部门投诉。
- 对于公司：在制定规章制度和劳动合同条款时，应确保内容合法合规，并遵循法定程序向员工公示或告知。同时，在扣款时应遵循法定限度，避免引发劳动纠纷。
示例：
假设某员工月工资为5000元，因打卡迟到被公司扣除500元工资。如果公司规章制度中明确规定了打卡迟到扣工资的条款，且该条款合法合规并已向员工公示或告知，同时该员工打卡迟到并未直接导致公司经济损失，那么公司扣除的500元工资可能超出了法定限度（即5000元的20%，为1000元，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%且扣除后剩余工资不得低于最低工资标准，若当地最低工资标准高于4000元，则500元扣款虽未超20%限额但需结合最低工资标准判断，此处仅为示例说明限度概念），因此该扣款行为可能是不合法的。员工可以与公司协商要求返还被扣除的工资，或向相关部门投诉。