结论：一天打四遍卡，少打一次扣半天工资的做法，一般不合法，但具体是否违法需结合公司规章制度、劳动合同及地方性法规综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从劳动合同与规章制度的角度

• 合法性前提：根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤、工资扣除），需经民主程序（如职工代表大会讨论）并公示或告知劳动者。若公司规章制度未履行此程序，直接规定“少打一次卡扣半天工资”可能无效。
• 合理性要求：即使规章制度合法，扣除工资也需符合“比例原则”，即扣除金额应与劳动者过错程度相当。若少打一次卡（如漏打下班卡）与实际出勤无直接关联，或扣除半天工资远超劳动者实际损失（如未造成公司经济损失），可能被认定为不合理。

2. 从工资支付与扣除的法律规定角度

• 法定扣除情形：根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅可在以下情形扣除工资：
  1. 劳动者个人承担的社保、公积金；
  2. 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
  3. 因劳动者原因给用人单位造成经济损失的赔偿（扣除比例不超过当月工资20%，且剩余工资不低于当地最低工资标准）。
• “少打卡扣工资”的合法性：若少打一次卡未导致公司实际损失（如未影响考勤统计、未造成工作延误），或公司无法证明损失与少打卡的因果关系，则扣除工资缺乏法律依据，可能被认定为克扣工资。

3. 从地方性法规与司法实践的角度

• 地方性规定：部分地区（如广东、江苏）出台了工资支付条例，明确禁止用人单位以非法定理由扣除工资。例如，《广东省工资支付条例》第十五条规定，用人单位不得克扣劳动者工资，除非符合法定情形。
• 司法实践倾向：法院在审理类似案件时，通常要求用人单位证明“少打卡”与“工资扣除”的合理性。若公司无法提供充分证据（如考勤记录、损失证明），可能被判令返还扣除的工资。

4. 劳动者应对建议

• 核查规章制度：要求公司出示经民主程序制定并公示的规章制度，确认“少打卡扣工资”条款是否合法。
• 主张权利途径：
  1. 向当地劳动监察大队投诉，要求查处克扣工资行为；
  2. 申请劳动仲裁，要求公司返还扣除的工资并支付经济补偿（如因克扣工资被迫离职，可主张经济补偿金）。
• 证据收集：保留劳动合同、工资条、考勤记录、公司规章制度等证据，以备维权使用。

5. 例外情形

• 双方约定优先：若劳动合同或补充协议中明确约定“少打卡视为旷工，按旷工时间扣除工资”，且该约定不违反法律强制性规定（如扣除后工资不低于最低工资标准），则可能被认定为有效。但此类约定需经劳动者签字确认，且不得显失公平。

总结：公司“少打一次卡扣半天工资”的做法，若未履行民主程序、无法证明实际损失或违反地方性法规，则不合法。劳动者可通过投诉、仲裁等途径维护权益。如有具体案例或合同条款，可进一步向我咨询，我将结合细节提供针对性建议。