结论：公司因员工开叉车未系安全带而从工资中扣款是否违法，需根据具体情况判断，若公司扣款符合法律法规及内部规章制度，且程序合法，则可能不违法；反之，若扣款缺乏依据或程序违法，则可能构成违法。以下从不同角度详细分析：
一、公司扣款的合法性前提
规章制度依据：
- 公司需有明确的规章制度规定，员工在操作叉车等特种设备时必须系安全带，且未系安全带将受到何种处罚（包括扣款）。
- 该规章制度需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），并向员工公示或告知，确保员工知晓并同意。
法律法规依据：
- 根据《中华人民共和国安全生产法》等相关法律法规，员工在作业过程中有义务遵守安全操作规程，佩戴和使用劳动防护用品。
- 若员工未系安全带违反了安全操作规程，公司有权依据内部规章制度进行处罚，但处罚方式需合法合理。
二、扣款的具体情形分析
扣款金额合理：
- 公司扣款金额需合理，不得超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%）。
- 若扣款金额过高，可能构成克扣工资，违反《劳动法》第五十条关于“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠”的规定。
扣款程序合法：
- 公司扣款前需告知员工扣款原因、金额及依据，并听取员工的陈述和申辩。
- 扣款决定需以书面形式通知员工，并保留相关证据（如扣款通知、员工签字确认等）。
三、违法扣款的法律后果
员工维权途径：
- 若员工认为公司扣款违法，可向当地劳动监察部门投诉，要求公司改正并补发被扣工资。
- 员工也可申请劳动仲裁，要求公司支付被扣工资及可能的经济补偿。
公司法律责任：
- 若公司扣款行为被认定为违法，可能面临劳动监察部门的处罚（如罚款、责令改正等）。
- 公司还可能因违法扣款而承担民事赔偿责任，如支付被扣工资、赔偿员工因此遭受的损失等。
四、建议与提醒
公司方面：
- 建议公司完善内部规章制度，明确员工在操作特种设备时的安全义务及违规处罚措施。
- 在扣款前确保程序合法、金额合理，并保留相关证据以备查。
员工方面：
- 提醒员工在作业过程中严格遵守安全操作规程，佩戴和使用劳动防护用品。
- 若对公司扣款行为有异议，可及时与公司沟通或寻求法律帮助。
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