核心结论：在劳动合同中约定综合工时制但薪酬内容空白的情况下，工资计算需结合法律法规、集体合同、同工同酬原则及实际工作情况综合确定，具体如下：

1. 依据法律法规确定基本工资
   根据《劳动法》第四十四条及《工资支付暂行规定》，实行综合工时制的员工，在法定标准工作时间以外工作的，应视为延长工作时间，并按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付工资；在休息日工作的，若不能安排补休，则按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付工资。
   若劳动合同中未明确约定工资标准，则需参照企业同岗位同工种员工的工资水平，或根据企业所在地的最低工资标准来确定基本工资。

2. 参考集体合同或规章制度
   若企业与工会或职工代表签订了集体合同，且集体合同中规定了综合工时制下的工资支付标准，则应按照集体合同的规定执行。
   此外，企业内部的规章制度（如员工手册、薪酬制度等）若对综合工时制下的工资计算有明确规定，且该规章制度已依法告知员工并经员工同意，也可作为工资计算的依据。

3. 同工同酬原则的应用
   在劳动合同和集体合同均未明确约定工资标准的情况下，应遵循同工同酬原则，即参照企业内相同或相似岗位员工的工资水平来确定工资。
   若企业无法提供同岗位员工的工资数据，或员工对工资水平有异议，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，由相关部门根据实际情况进行裁决。

4. 实际工作情况的考量
   在计算工资时，还需考虑员工的实际出勤情况、加班时长、是否安排补休等因素。
   例如，若员工在综合计算周期内的总实际工作时间未超过法定标准工作时间，则无需支付加班费；若超过法定标准工作时间，则需按照上述规定支付加班费。

建议：

• 及时补签劳动合同或补充协议：为避免类似纠纷，建议企业与员工及时补签劳动合同或签订补充协议，明确约定综合工时制下的工资标准、加班费计算方式等关键条款。
  
• 完善企业规章制度：企业应完善内部规章制度，明确综合工时制下的工资支付标准、加班审批流程等，确保工资计算的合法性和合理性。
  
• 保留相关证据：企业和员工均应保留与工资计算相关的证据，如考勤记录、工资条、加班审批单等，以便在发生纠纷时提供有力支持。
  

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