在劳动合同中签订综合工时制的工资结构构成，是一个需要细致且严谨处理的过程，以确保合同内容既合法又明确，从而有效保护用人单位和劳动者双方的权益。以下是一个详细的指南，帮助您完成这一任务：
一、合同基础信息
首先，在劳动合同的开头部分，需要明确填写合同双方的基础信息：
- 用人单位信息：包括单位全称、法定代表人姓名、单位地址、联系电话等，确保信息准确无误。
- 劳动者信息：包括姓名、性别、身份证号码、家庭住址、联系电话等，同样需要真实有效。
二、合同期限与工作内容
接下来，明确合同的期限以及劳动者的工作内容和地点：
- 合同期限：根据双方协商，确定是固定期限、无固定期限还是以完成一定工作任务为期限的合同。
- 工作内容与地点：详细描述劳动者的工作岗位、职责以及工作地点。对于综合工时制，应特别注明工作时间的灵活性和可能的变化范围，例如：“劳动者的工作岗位为XX，实行综合计算工时工作制，工作时间根据生产需要灵活安排，但平均每日工作时间不超过8小时，每周不超过40小时。”
三、工作时间与休息休假（核心部分）
这是签订综合工时制劳动合同的关键环节，需要详细约定：
综合计算工时工作制：
- 明确约定实行综合计算工时工作制，并详细说明计算周期，如“本合同采用以月为周期的综合计算工时工作制”。
平均工作时间：
- 确保劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间不超过法定标准，即平均每日不超过8小时，每周不超过40小时。
加班规定：
- 明确加班的条件、程序以及加班费的计算方式。例如：“因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。加班费按照劳动者日工资的150%支付（工作日加班），或200%（休息日加班且未安排补休），或300%（法定节假日加班）执行。”
休息休假：
- 依法保障劳动者的休息权利，明确法定节假日、年休假、婚丧假、探亲假等休假的具体安排和待遇。
四、劳动报酬（重点部分）
在劳动报酬部分，需要清晰列明工资结构构成及支付方式：
工资构成：
- 明确工资由哪些部分组成，如基本工资、绩效工资、加班工资、奖金等。例如：“劳动者的工资由基本工资XX元、绩效工资（根据工作表现和公司规定发放）以及加班工资（按照实际加班情况计算）组成。”
支付方式与时间：
- 约定工资的支付方式（如银行转账）和支付时间（如每月XX日）。
加班工资计算基数：
- 明确加班工资的计算基数，通常是以劳动者的基本工资为基准。例如：“加班工资的计算基数为劳动者的基本工资XX元/月。”
五、社会保险与福利待遇
按照国家和地方政府规定，为劳动者缴纳各项社会保险费用，并约定其他福利待遇：
- 社会保险：包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。
- 福利待遇：如补充商业保险、带薪培训、节日福利等，可根据公司实际情况进行约定。
六、合同变更、解除与终止
明确合同变更、解除和终止的条件、程序以及双方的权利义务：
- 合同变更：需双方协商一致并采用书面形式进行变更。
- 合同解除与终止：遵守《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规的规定，确保合法合规。
七、违约责任与争议解决
约定双方在合同履行过程中的违约责任及赔偿方式，并明确劳动争议的处理方式和途径：
- 违约责任：如一方违反合同约定，应承担相应的违约责任。
- 争议解决：如协商、调解、仲裁或诉讼等，通常建议优先通过协商或调解解决争议。
八、其他事项
根据实际情况，可在合同中约定试用期、培训、保密、竞业限制等其他事项，并确保合同条款不违反法律法规的强制性规定，且符合公平、公正的原则。
综上所述，签订综合工时制的劳动合同需要细致且严谨地处理每一个环节，特别是工作时间与休息休假、劳动报酬等核心部分。通过明确约定各项条款，可以确保合同的合法性和有效性，从而保护双方的合法权益。