员工自动离职的情况下，单位仍建议出具解除劳动合同通知书，但需分情况讨论：

1. 从法律程序合规性角度
   根据《劳动合同法》第五十条，用人单位与劳动者解除或终止劳动合同时，应当出具解除或终止劳动合同的证明。即使员工主动离职（如未提前30日通知或未办理离职手续），单位仍需履行法定义务，出具书面通知。这不仅是法律要求，也能避免后续争议（如员工主张未收到离职证明导致无法就业的损失赔偿）。

2. 从风险防范角度
   若员工自动离职后，单位未出具书面通知，可能面临以下风险：

   • 员工事后否认离职事实，主张单位违法解除，要求支付赔偿金；
     
   • 员工以未收到离职证明为由，要求单位承担其失业期间的经济损失；
     
   • 在社保转移、档案交接等环节产生纠纷，单位需额外举证离职事实。
     建议：单位应通过书面通知明确离职时间、原因及手续办理要求，并要求员工签收或通过EMS邮寄留存凭证。

3. 从实务操作角度
   若员工拒不配合办理离职手续，单位可分两步处理：

   • 第一步：通过书面通知（如《限期返岗通知书》）要求员工回岗或说明情况，保留送达证据；
     
   • 第二步：若员工仍不回应，单位可依据规章制度（如旷工条款）解除合同，并再次出具书面解除通知，注明解除依据及生效时间。
     注意：单位规章制度需经民主程序制定并公示，否则可能被认定为违法解除。

总结：无论员工是否主动离职，单位均应出具书面解除通知，这是法律义务也是风险防控的必要措施。若您需要具体通知模板或操作指导，可进一步向我咨询。