结论：县政府文件规定超出核减额5%的审计费用由施工单位支付，这一规定的合法性不能一概而论，需结合具体法律法规、文件性质及内容、程序合法性等多方面因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、从法律法规层面分析
审计费用承担原则：
- 通常情况下，审计费用应由委托审计的一方承担，即如果县政府是审计的委托方，那么原则上审计费用应由县政府承担。
- 但若施工单位与县政府之间有特别约定，或者相关法律法规、规章有特别规定，审计费用的承担方式可能会有所不同。
相关法律法规依据：
- 需要查阅具体的法律法规，如《中华人民共和国审计法》及其实施条例，以及地方性法规、规章等，看是否有关于审计费用承担的具体规定。
- 若相关法律法规未明确规定超出核减额部分的审计费用承担方式，则需进一步分析县政府文件的合法性。
二、从县政府文件性质及内容分析
文件性质：
- 县政府文件若属于规范性文件，其制定需遵循法定程序，且内容不得与上位法相抵触。
- 若文件属于内部管理文件或具体行政行为依据，其合法性判断可能更侧重于程序合法性和内容合理性。
文件内容：
- 分析文件是否明确规定了超出核减额5%的审计费用由施工单位支付，以及该规定的具体依据和理由。
- 若文件未提供充分依据或理由，或者该规定与上位法相冲突，则可能面临合法性挑战。
三、从程序合法性角度分析
文件制定程序：
- 县政府文件的制定需遵循法定程序，如公开征求意见、专家论证、合法性审查等。
- 若文件制定程序存在瑕疵，如未公开征求意见或未进行合法性审查，则可能影响其合法性。
施工单位参与程序：
- 分析施工单位在审计过程中是否被充分告知审计费用承担方式，以及是否有机会对审计费用提出异议。
- 若施工单位在审计过程中未被充分告知或未有机会提出异议，则该规定可能对施工单位不公平。
四、法律建议及可能后果
法律建议：
- 建议施工单位首先查阅相关法律法规和县政府文件，了解审计费用承担的具体规定。
- 若认为县政府文件规定不合法或不合理，可向县政府提出异议或申请行政复议。
- 必要时，可寻求法律援助或提起行政诉讼，维护自身合法权益。
可能后果：
- 若县政府文件规定合法有效，且施工单位未提出异议或申请行政复议，则施工单位可能需承担超出核减额5%的审计费用。
- 若县政府文件规定被认定不合法或不合理，则施工单位可能无需承担该部分费用，且县政府可能需承担相应的法律责任。
总结：县政府文件规定超出核减额5%的审计费用由施工单位支付，其合法性需结合具体法律法规、文件性质及内容、程序合法性等多方面因素综合判断。施工单位在面对此类规定时，应充分了解相关法律法规和文件内容，必要时寻求法律援助或提起行政诉讼，以维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。