结算审计服务费由施工单位支付，这一做法是否合法，需视具体情况和合同约定而定。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定优先
在建设工程领域，合同是双方权利义务的基础。如果建设单位与施工单位在合同中明确约定了结算审计服务费由施工单位承担，那么这一约定是合法有效的，双方应当按照合同约定履行。这种情况下，施工单位支付结算审计服务费是符合合同约定的，不存在合法性问题。
二、无约定或约定不明时的处理
如果合同中没有明确约定结算审计服务费的承担方，或者约定不明确，那么就需要根据相关法律法规和行业惯例来判断。
法律法规层面：目前并没有直接的法律法规明确规定结算审计服务费必须由哪一方承担。因此，在法律法规层面，无法直接得出结算审计服务费应由施工单位支付的结论。
行业惯例层面：在建设工程领域，结算审计服务费的承担方可能因地区、项目类型、合同类型等因素而有所不同。有些地区或项目可能习惯上由建设单位承担，有些则可能由施工单位承担。然而，行业惯例并不具有法律强制力，不能作为判断合法性的直接依据。
三、可能引发的法律后果
如果合同中没有约定结算审计服务费的承担方，而双方又无法就此达成一致意见，那么可能会引发以下法律后果：
协商解决：双方可以通过协商的方式，就结算审计服务费的承担问题达成一致意见，并签订补充协议或变更合同条款。
诉讼或仲裁：如果协商无果，双方可能会选择通过诉讼或仲裁的方式解决争议。在这种情况下，法院或仲裁机构会根据合同约定、相关法律法规和行业惯例等因素，综合判断结算审计服务费的承担方。
四、建议
明确合同约定：为了避免因结算审计服务费承担问题而引发的争议，建议建设单位和施工单位在签订合同时，就结算审计服务费的承担方进行明确约定。
遵循行业惯例：在合同没有明确约定的情况下，双方可以参考行业惯例进行协商处理。但需要注意的是，行业惯例并不具有法律强制力，不能作为判断合法性的直接依据。
寻求专业法律意见：如果双方无法就结算审计服务费的承担问题达成一致意见，建议寻求专业律师的法律意见，以便更好地维护自身权益。
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