施工方做结算在符合法律规定和合同约定的前提下是合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、结算的法律性质
结算在建设工程领域被视为一种法律行为，而非事实行为。这意味着结算不仅仅是双方对已完成施工内容的事实确认和数学计算，更是双方基于意思自治达成的合同行为。结算文件作为当事人之间合同行为的体现，应当遵循法律关于意思表示的基本规则，并接受法律的效力评判。
二、结算的合法性依据
《建设工程施工合同解释(一)》的相关规定：
- 根据该解释第29条，当事人在诉讼前已经对建设工程价款结算达成协议的，诉讼中一方当事人申请对工程造价进行鉴定的，人民法院不予准许。这一规定体现了法律对结算协议效力的认可，即一旦双方达成结算协议，就应当按照该协议履行，而不能随意以与事实不符为由进行推翻。
地方高级人民法院的指导意见：
- 例如，《河北省高级人民法院建设工程施工合同案件审理指南》规定，建设工程施工过程中，发包人与承包人进行结算后，出具欠条确认欠付债务，原告依据欠条起诉，被告主张该欠条中确认数额并非实际的工程款数额，要求确认欠条无效的，一般不予支持，除非被告能够提供证据证明出具欠条时存在重大误解、欺诈、胁迫或显失公平等情形。这一规定进一步强调了结算协议的效力，以及要推翻结算协议所需满足的严格条件。
三、结算协议的效力与推翻
结算协议的效力：
- 结算协议作为对既存债权债务进行清理达成的协议，其效力独立于建设工程施工合同。即使建设工程施工合同无效，也不必然导致结算协议无效。只要结算协议是双方真实意思的表示，且不违反法律的禁止性规定，就应当认定其有效。
推翻结算协议的条件：
- 要推翻已经达成的结算协议，只能通过无效、可撤销等诉讼否认结算效力。这意味着，除非能够证明结算协议存在无效或可撤销的情形（如重大误解、欺诈、胁迫或显失公平等），否则结算协议应当被视为有效，并作为双方结算的依据。
四、实践中的注意事项
确保结算协议的真实性和合法性：
- 在签订结算协议时，双方应当确保协议内容真实、准确，并符合法律规定和合同约定。避免出现因协议内容不真实或违法而导致协议无效或被撤销的情况。
妥善保存结算协议和相关证据：
- 双方应当妥善保存结算协议和相关证据，以备在发生纠纷时作为证明自己主张的依据。这有助于维护双方的合法权益，并促进纠纷的顺利解决。
总结来看，施工方做结算在符合法律规定和合同约定的前提下是合法的。双方应当遵循法律关于意思表示的基本规则，签订真实、合法的结算协议，并妥善保存相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。