当遇到施工单位不配合结算的情况时，作为建设单位，您可以按照以下详细且具有深度的步骤来处理，以确保您的权益得到充分保障，并依法合规地解决问题：

一、深入理解法律依据与合同条款

首先，您需要细致地审阅与施工单位签订的《建设工程施工合同》。特别关注以下几个核心条款：

1. 结算期限：合同中应明确规定了施工单位提交结算报告的具体时间，比如工程竣工验收合格后的30天或60天内。这是判断施工单位是否违约的重要依据。

2. 付款条件：了解合同中关于工程款支付的具体规定，包括预付款、进度款和尾款的支付条件和比例。这有助于您在后续处理中准确把握付款节奏，避免不必要的纠纷。

3. 违约责任：明确施工单位未按时提交结算报告应承担的违约责任，包括可能支付的违约金、赔偿损失等。这是您在施工单位违约时，要求其承担相应责任的法律基础。

4. 争议解决：熟悉合同中约定的争议解决方式，如仲裁或诉讼，以及相应的管辖机构。这有助于您在发生争议时，迅速选择合适的解决途径。

二、正式书面催告与积极沟通协商

1. 发送书面催告函：

   • 在确认施工单位未按时提交结算报告后，您应立即向施工单位发送正式的书面催告函。催告函中应明确指出合同中约定的结算申报时间已过期，并要求施工单位在限定的合理期限内（如15个工作日内）提交完整的结算资料。
   • 催告函应通过邮政特快专递（EMS）等可靠方式送达，并在快递单上注明函件内容，如“关于要求提交工程结算报告的催告函”。同时，保留好快递底单和物流签收记录，以备后续使用。

2. 友好沟通与协商：

   • 在发出催告函后，您应积极与施工单位进行沟通，了解其不配合结算的具体原因。可能是施工单位对结算金额有异议，或者是内部流程繁琐导致延迟。
   • 尝试通过友好协商解决问题，可以组织双方参加的结算协商会议，形成会议纪要，记录协商过程和双方达成的共识。这有助于增进双方的理解，为后续处理打下良好基础。

三、果断采取法律手段

如果施工单位经催告和协商后仍不提交结算报告，您应果断采取法律手段来维护自身权益：

1. 委托律师发律师函：

   • 您可以委托专业律师向施工单位发送律师函，进一步阐述其不配合结算的违约性质以及可能面临的法律后果，如支付违约金、赔偿损失等。律师函具有法律威慑力，往往能促使施工单位尽快履行结算申报义务。

2. 提起诉讼或仲裁：

   • 若施工单位依旧无动于衷，您可以根据合同中的争议解决条款，向有管辖权的人民法院提起诉讼或向约定的仲裁机构申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，您可以申请对工程造价进行司法鉴定，由专业的鉴定机构根据工程实际情况确定工程造价，作为判决或裁决的依据。

四、全面收集与保存证据

在整个处理过程中，您应特别注意收集和保存与工程建设、结算相关的各类证据材料。这些证据材料包括但不限于：

• 合同文件及其附件，如招标文件、投标文件、中标通知书等；
• 施工过程中的往来函件、电子邮件、短信记录等；
• 工程变更通知、竣工验收报告、质量保修书等；
• 催告函、律师函及送达凭证，如快递底单、物流签收记录等；
• 会议纪要、谈判记录等，记录双方协商过程和达成的共识。

这些证据材料将在后续可能的法律程序中发挥重要作用，有助于您证明自己的主张和权益。

五、注重预防与改进

为避免类似问题再次发生，您应在未来的合同中更加明确地约定结算流程、时间节点以及违约责任等关键条款。同时，加强合同管理，确保双方权益得到充分保障。例如，可以约定在工程竣工验收合格后的一定时间内，施工单位必须提交完整的结算资料，否则将承担相应的违约责任。此外，还可以建立定期沟通机制，及时了解施工单位的结算进展情况，确保结算工作顺利进行。

综上所述，当施工单位不配合结算时，您应依据合同条款和法律规定，通过书面催告、沟通协商、法律手段等多种方式维护自身权益，并确保在处理过程中做好证据收集与保存工作。同时，也应注重合同的预防与改进，以避免类似问题的再次发生。