当施工单位不认可结算时，建设单位或相关方可以采取以下步骤来妥善处理这一问题，确保自身权益得到充分保障：

1. 明确争议焦点与依据

   • 梳理争议点：首先，需要仔细分析施工单位不认可的具体内容，这可能涉及工程量计算、单价确定、费用计取等多个方面。明确双方的分歧所在，是后续沟通和处理的基础。
   • 核对合同条款：回顾施工合同中的相关条款，特别是关于结算方式、计价标准、变更调整等关键内容。确保结算过程严格遵循合同约定，为争议解决提供坚实的法律依据。

2. 积极沟通与协商

   • 组织会议讨论：邀请施工单位代表、审计人员（如有）及相关专家召开会议，就争议问题进行深入讨论。通过面对面交流，增进理解，寻求共识，可能有助于快速解决问题。
   • 提供详细解释：针对施工单位的不认可之处，提供详细的结算说明和计算依据。解释结算过程中的合理性和公正性，消除误解和疑虑。
   • 考虑合理诉求：在坚持原则的基础上，充分考虑施工单位的合理诉求和实际情况。对于确实存在误差或不合理的地方，应及时进行调整和纠正，以体现公平和诚意。

3. 寻求第三方协助

   • 申请调解：若双方无法达成一致意见，可申请行业协会、专业机构或政府相关部门进行调解。调解过程中，应保持客观公正的态度，积极配合调解工作，争取达成双方都能接受的解决方案。
   • 申请仲裁或诉讼：如调解无果，且合同中约定了仲裁条款或双方同意通过法律途径解决争议，则可向约定的仲裁委员会申请仲裁或直接向人民法院提起诉讼。在此过程中，需准备充分的证据材料，包括结算报告、合同文件、施工记录等，以支持自身主张。

4. 法律手段的具体运用

   • 委托律师发律师函：在协商和调解无果的情况下，可以委托专业律师向施工单位发送律师函，进一步阐述其不认可结算的违约性质以及可能面临的法律后果，督促其尽快履行结算义务或接受合理结算结果。
   • 提起诉讼或仲裁的准备：若施工单位依旧坚持不认可结算，建设单位应根据合同中的争议解决条款，积极准备提起诉讼或仲裁。这包括收集证据、撰写诉状或仲裁申请书、选择合适的法律程序等。

5. 后续管理与预防

   • 总结经验教训：对本次争议解决过程进行全面总结，分析原因，找出问题所在。为今后的工程结算工作提供借鉴和改进方向，避免类似问题再次发生。
   • 完善管理制度：加强工程结算的规范化管理，建立健全结算制度和流程。提高结算人员的专业素养和业务能力，确保结算工作的准确性和公正性。
   • 加强合同管理：在签订施工合同时，应明确结算方式、计价标准、变更调整等重要条款。减少因合同条款不清而产生的争议和纠纷，为工程结算提供明确的法律依据。

在处理施工单位不认可结算的问题时，建设单位应保持冷静和理性，依据合同条款和法律规定，通过积极沟通、寻求第三方协助以及采取法律手段等多种方式维护自身权益。同时，也应注重合同的预防与改进，以避免类似问题的再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。