工程尾款结算由第三方支付，在符合一定条件下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合法情形
合同约定：
- 如果工程合同中明确约定了尾款可以由第三方支付，那么这种支付方式就是合法的。合同是双方意思表示一致的产物，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，就是有效的。因此，在合同有明确约定的情况下，第三方支付尾款是符合合同约定的，也是合法的。
债权人同意：
- 即使合同中没有明确约定第三方支付尾款，但如果债权人（即工程发包方）同意由第三方支付尾款，那么这种支付方式也是合法的。债权人有权处分自己的债权，包括接受第三方代为履行债务。在这种情况下，第三方支付尾款不会损害债权人的利益，因此是合法的。
法律不禁止：
- 在法律没有明确禁止的情况下，第三方支付工程尾款并不违反法律规定。法律没有规定工程尾款必须由合同双方直接支付，因此，在符合其他合法条件的情况下，第三方支付尾款是可行的。
非法或存在风险情形
合同无约定且债权人不同意：
- 如果工程合同中没有约定第三方支付尾款，且债权人不同意由第三方支付，那么第三方擅自支付尾款可能构成无权处分。在这种情况下，债权人可以拒绝接受第三方的支付，并要求合同相对方（即工程承包方）履行支付义务。如果第三方已经支付了尾款，债权人可以要求返还，或者通过法律途径追究相关责任。
第三方支付能力或信誉问题：
- 即使合同约定或债权人同意由第三方支付尾款，但如果第三方存在支付能力不足或信誉问题，也可能导致尾款无法按时、足额支付。这种情况下，虽然第三方支付本身不违法，但可能给工程发包方带来经济损失和风险。因此，在选择第三方支付时，应对第三方的支付能力和信誉进行充分评估。
法律建议
- 明确合同条款：在签订工程合同时，应明确约定尾款的支付方式、支付时间和支付主体。如果希望由第三方支付尾款，应在合同中明确约定，并征得债权人的同意。
- 评估第三方信誉：在选择第三方支付尾款时，应对第三方的支付能力和信誉进行充分评估，确保尾款能够按时、足额支付。
- 保留相关证据：无论是由合同双方直接支付还是由第三方支付尾款，都应保留好相关证据，如支付凭证、合同等，以备不时之需。
如有任何关于工程尾款结算或第三方支付的法律问题，欢迎直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。