关于委托第三方公司开展项目审计，由施工方付款的程序是否合法，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要依据具体情况和相关法律法规进行综合分析。以下是我从不同角度给出的详细解答：

1. 合同约定角度

• 合法情形：如果建设单位（业主）与施工方在施工合同中明确约定了，项目审计可以委托第三方公司进行，并且约定了审计费用由施工方承担，那么这种付款程序就是合法的。因为合同是双方自愿达成的协议，只要不违反法律法规的强制性规定，就应当得到履行。
• 不合法情形：如果合同中没有相关约定，或者约定不明确，那么建设单位单方面要求施工方承担审计费用就可能缺乏合法依据。此时，施工方有权拒绝承担该费用，或者要求通过协商、诉讼等方式解决争议。

2. 法律法规角度

• 一般原则：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，合同双方应当遵循公平、诚实信用的原则，按照约定履行自己的义务。如果法律法规或者行业规范对审计费用的承担有明确规定，那么应当遵循这些规定。
• 特殊规定：在某些特定情况下，法律法规可能对审计费用的承担有特殊规定。例如，如果审计是出于政府监管的需要，那么审计费用可能由政府承担或者通过其他方式解决。但是，在一般的建设工程合同中，这种情况并不常见。

3. 实际操作角度

• 行业惯例：在建设工程领域，委托第三方公司进行项目审计是一种常见的做法。但是，审计费用的承担方式可能因项目、地区、合同类型等因素而有所不同。有些情况下，审计费用可能由建设单位承担；有些情况下，则可能由施工方承担；还有些情况下，双方可能按照一定比例分担。
• 协商解决：如果合同中没有明确约定审计费用的承担方式，或者约定不明确，那么双方可以通过协商的方式解决。在协商过程中，双方可以充分考虑项目的实际情况、各自的利益诉求以及行业惯例等因素，达成一个公平合理的解决方案。

4. 法律风险与建议

• 法律风险：如果建设单位单方面要求施工方承担审计费用，而施工方拒绝承担或者双方无法达成一致意见，那么可能会引发合同纠纷。在纠纷解决过程中，双方可能需要承担诉讼费用、律师费用等额外成本，并且可能面临项目延期、声誉受损等风险。
• 建议：为了避免法律风险，我建议在签订施工合同时，双方应当明确约定项目审计的相关事项，包括审计机构的选定、审计费用的承担方式等。同时，在合同履行过程中，双方应当保持沟通畅通，及时协商解决可能出现的问题。

如果您在建设工程合同领域遇到类似问题或者其他法律问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况和法律法规的要求，为您提供专业、全面的法律服务。