结论前置：审减额超过百分之五审计费全部由施工单位支付是否合法，需结合具体合同条款、相关法律法规及行业惯例综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果建设工程合同中明确约定了“审减额超过百分之五时，审计费全部由施工单位支付”的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该条款是有效的。根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。因此，在这种情况下，施工单位需要按照合同约定支付审计费。
合同无明确约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确约定审减额与审计费支付责任的关系，或者约定不明，那么就不能直接依据合同条款来确定审计费的支付责任。此时，需要依据相关法律法规、行业惯例以及公平原则来综合判断。
二、法律法规角度
法律法规无直接规定：
- 目前，我国并没有直接规定“审减额超过百分之五时，审计费应由谁支付”的法律法规。因此，在法律法规层面，无法直接得出审计费应由施工单位支付的结论。
遵循公平原则：
- 在没有合同明确约定或法律法规直接规定的情况下，应遵循公平原则来确定审计费的支付责任。公平原则要求当事人在民事活动中应以社会正义、公平的观念指导自己的行为、平衡各方的利益，要求以社会正义、公平的观念来处理当事人之间的纠纷。如果审减额超过百分之五并非完全由施工单位的原因造成，而是由于设计变更、工程量增减等多种因素共同作用的结果，那么将审计费全部由施工单位承担可能显失公平。
三、行业惯例角度
行业惯例的参考作用：
- 在建设工程领域，行业惯例对于确定审计费的支付责任也具有一定的参考作用。如果行业内普遍存在“审减额超过一定比例时，审计费由施工单位承担”的惯例，且该惯例不违反法律法规的强制性规定，那么在实际操作中可能会被采纳。然而，行业惯例并非法律，其适用性需结合具体情况进行判断。
行业惯例的差异性：
- 需要注意的是，不同地区、不同项目、不同业主和施工单位之间可能存在不同的行业惯例。因此，在判断审计费支付责任时，不能一概而论地依据某个行业惯例，而应结合具体情况进行综合分析。
四、实际操作建议
审查合同条款：
- 在签订建设工程合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于审计费支付责任的约定。如果合同中存在不合理的条款，应及时提出修改意见，以避免后续纠纷。
协商解决：
- 如果在实际操作中出现了审减额超过百分之五且合同未明确约定审计费支付责任的情况，建议双方通过协商解决。通过友好协商，可以达成双方都能接受的解决方案，避免不必要的法律纠纷。
寻求法律帮助：
- 如果协商无果，且双方对审计费支付责任存在争议，建议寻求专业律师的法律帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见，帮助双方解决纠纷。
总结：审减额超过百分之五审计费全部由施工单位支付是否合法，需结合具体合同条款、相关法律法规及行业惯例综合判断。在实际操作中，建议双方仔细审查合同条款、协商解决争议，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。