关于咨询合同中约定“审减率超过5由施工单位承担”是否应该由业主代扣后支付的问题，我给出如下分析：

首先，明确结论：是否由业主代扣后支付，需根据合同的具体条款和双方的约定来确定。若合同中明确规定了业主有权在审减率超过5%时代扣相应款项并直接支付给相关方，则业主可以代扣；若合同中没有明确规定，或规定不明确，则需要双方进一步协商或依据相关法律法规进行裁决。

接下来，详细分析：

1. 合同条款的解读：

   • 审减率超过5%由施工单位承担，这一条款通常意味着，在工程结算过程中，如果审计发现工程实际造价与合同约定价款存在超过5%的差异（即审减额超过合同价款的5%），那么这部分差异金额应由施工单位承担。
   • 但是，这一条款并未直接说明业主是否有权代扣这部分款项。因此，需要查看合同的其他部分，特别是关于支付、扣款和争议解决等条款，以确定业主的权利和义务。

2. 法律法规的适用：

   • 在没有具体合同条款支持的情况下，业主代扣款项的行为可能涉及合同法、建筑法等相关法律法规的适用。
   • 一般来说，合同是双方自愿达成的约定，双方应严格遵守。如果合同中没有明确规定业主可以代扣款项，那么业主擅自代扣可能构成违约行为。

3. 双方协商与争议解决：

   • 如果合同中没有明确规定，或规定不明确，双方可以就这一问题进行协商，尝试达成一致意见。
   • 如果协商不成，双方可以依据合同中的争议解决条款，通过诉讼或仲裁等方式解决争议。

综上所述，是否由业主代扣后支付，需根据合同的具体条款和双方的约定来确定。如果合同中有明确规定，则按合同约定执行；如果合同中没有明确规定，或规定不明确，则需要双方进一步协商或依据相关法律法规进行裁决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。