结论：项目竣工验收后，甲方政府单位以审计结果扣减项目款是否合法，需根据具体情况判断，主要包括合同约定、审计程序合法性及审计结果合理性等多个方面。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果双方在合同中明确约定了以审计结果作为结算依据，并且约定了审计的具体程序、范围、方法等，那么甲方政府单位依据合同约定的审计结果扣减项目款，通常是合法的。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，当事人有权在合同中约定结算方式，只要该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。
合同无明确约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确约定以审计结果作为结算依据，或者约定不明确，那么甲方政府单位单方面以审计结果扣减项目款可能缺乏合同依据，构成违约。
- 建议：在此情况下，乙方可以与甲方协商，要求按照实际完成的工作量或合同约定的其他方式进行结算。如果协商不成，乙方可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
二、审计程序合法性角度
审计程序合法：
- 如果审计程序符合相关法律法规的规定，如审计机构的资质、审计人员的资格、审计方法的科学性等，那么审计结果通常具有法律效力，甲方政府单位可以依据审计结果扣减项目款。
- 注意：乙方有权对审计程序提出异议，如果认为审计程序存在违法或不当之处，可以要求重新审计或提出其他救济措施。
审计程序违法：
- 如果审计程序存在违法或不当之处，如审计机构无资质、审计人员无资格、审计方法不科学等，那么审计结果可能无效，甲方政府单位不能依据该审计结果扣减项目款。
- 法律依据：根据《审计法》等相关法律法规的规定，审计程序必须合法合规，否则审计结果无效。
三、审计结果合理性角度
审计结果合理：
- 如果审计结果合理反映了项目的实际情况，如工程量、造价等，那么甲方政府单位依据审计结果扣减项目款是合理的。
- 注意：乙方有权对审计结果提出异议，如果认为审计结果存在不合理之处，可以要求审计机构进行解释或说明，或者提出重新审计的申请。
审计结果不合理：
- 如果审计结果存在明显不合理之处，如工程量计算错误、造价虚高等，那么甲方政府单位不能依据该审计结果扣减项目款。
- 建议：在此情况下，乙方可以收集相关证据，如施工图纸、变更通知、现场签证等，证明审计结果的不合理性，并要求甲方政府单位重新进行结算或提出其他救济措施。
四、其他注意事项
- 审计时限：根据相关规定，审计机关应当自收到审计申请之日起一定期限内出具审计报告。如果甲方政府单位未在规定时限内完成审计并出具审计报告，可能构成违约或违法。
- 争议解决：如果双方对审计结果或结算方式存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在选择争议解决方式时，应充分考虑成本、效率、专业性等因素。
总结与建议：项目竣工验收后，甲方政府单位以审计结果扣减项目款是否合法，需根据合同约定、审计程序合法性及审计结果合理性等多个方面进行综合判断。如果乙方对审计结果或结算方式存在异议，建议及时收集相关证据，与甲方进行协商或寻求法律途径解决。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。