在建设工程合同中，若甲方减少合同中的项目，竣工结算的处理方式需根据具体情况来确定，以下是一些关键的分析和法律建议：

1. 合同条款的审查：

   • 首先，应详细审查建设工程合同中关于项目变更、工程量增减以及竣工结算的具体条款。合同中通常会规定，当项目发生变更时，双方应如何协商调整合同价款，以及竣工结算的具体方法和程序。
   • 如果合同中有明确的条款规定了甲方减少项目时的结算方式，那么双方应严格按照合同条款执行。

2. 协商与变更协议：

   • 若合同中没有明确规定或规定不明确，双方应首先尝试通过协商达成一致意见。协商过程中，可以参考类似项目的市场价格、行业惯例以及实际发生的成本等因素，来确定减少项目的价款调整。
   • 协商达成一致后，双方应签订书面变更协议，明确减少的项目内容、价款调整方式以及竣工结算的具体安排。

3. 法律原则的适用：

   • 在缺乏明确合同条款或协商未果的情况下，可以依据《中华人民共和国民法典》中关于合同变更和解除的相关规定来处理。根据民法典，当事人协商一致，可以变更合同。合同变更后，原合同未变更部分仍然有效，变更部分按照变更后的内容履行。
   • 同时，如果甲方减少项目导致乙方遭受损失，乙方有权要求甲方进行赔偿。赔偿的范围应包括乙方因项目减少而直接遭受的损失，如已采购的材料费用、已投入的人工费用等。

4. 竣工结算的具体操作：

   • 在竣工结算时，乙方应根据实际完成的工程量，按照合同约定的计价方式或双方协商确定的计价方式，编制竣工结算报告。
   • 甲方在收到竣工结算报告后，应在合同约定的期限内进行审核，并提出审核意见。如果甲方对竣工结算报告有异议，双方应再次协商或通过其他争议解决方式（如仲裁、诉讼）来确定最终的结算价款。

5. 可能的法律后果：

   • 如果甲方未经乙方同意擅自减少项目，且未按照上述方式处理竣工结算，乙方有权要求甲方继续履行合同或承担违约责任。违约责任的形式可能包括支付违约金、赔偿损失等。
   • 如果双方无法就竣工结算达成一致意见，且协商、调解等非诉讼方式无法解决争议，乙方可以向人民法院提起诉讼或根据合同约定申请仲裁，以维护自己的合法权益。

建议：在实际操作中，为避免类似纠纷的发生，双方应在合同中明确约定项目变更、工程量增减以及竣工结算的具体条款。同时，在项目执行过程中，双方应保持良好的沟通，及时协商解决可能出现的问题。如果遇到复杂的法律问题或争议，建议及时咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详尽的法律分析。