工程项目竣工验收合格后，甲方以质量为由拒付工程款，这一行为是否违法，需分情况讨论：

1. 若工程质量确实存在问题，但验收时未被发现：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》及相关建设工程合同法规，工程竣工验收合格后，甲方应按约定支付工程款。然而，若验收时存在隐蔽的质量问题，且这些问题在验收时未被发现，甲方在后续发现后，有权要求乙方（施工方）承担修复、返工等责任。但这并不直接构成甲方拒付全部工程款的合法理由，除非合同中有明确约定或质量问题严重到导致工程无法使用。
   • 法律建议：甲方应首先与乙方协商，要求乙方对质量问题进行修复或返工，并可依据合同约定或法律规定要求乙方承担相应责任。若乙方拒绝或无法修复，甲方可通过法律途径解决，但不应直接拒付全部工程款。
   • 可能后果：若甲方无正当理由拒付工程款，乙方有权要求甲方支付工程款及可能的违约金或利息，并可通过诉讼或仲裁等法律手段维护自身权益。

2. 若工程质量符合验收标准，甲方无合理理由拒付：

   • 法律背景：工程竣工验收合格是支付工程款的前提条件之一。若工程质量符合验收标准，甲方无正当理由拒付工程款，则构成违约行为。
   • 法律建议：乙方应首先与甲方沟通，了解拒付的具体原因，并尝试通过协商解决。若协商无果，乙方可依据合同约定或法律规定，向甲方发出催款通知，并保留通过诉讼或仲裁等法律手段追讨工程款的权利。
   • 可能后果：甲方若拒不支付工程款，除需支付工程款本金外，还可能需承担违约金、利息等额外费用，并可能面临法律制裁，如被列入失信被执行人名单等。

3. 合同中有特别约定的情况：

   • 法律背景：若建设工程合同中明确约定了工程质量保证金、保修期等条款，且甲方在保修期内以质量问题为由拒付部分工程款（如质量保证金），则需根据合同具体条款判断甲方行为是否合法。
   • 法律建议：乙方应仔细审查合同条款，了解甲方拒付工程款的具体依据。若甲方行为符合合同约定，乙方应按约定履行保修义务；若甲方行为违反合同约定或法律规定，乙方有权要求甲方支付工程款并承担相应责任。
   • 可能后果：根据合同约定和实际情况，乙方可能需承担保修责任或要求甲方支付工程款及违约金等。

总结与建议：

• 工程项目竣工验收合格后，甲方以质量为由拒付工程款是否违法，需根据工程质量实际情况、合同约定及法律规定综合判断。
• 乙方在面对甲方拒付工程款时，应首先与甲方沟通协商，了解拒付原因，并尝试通过友好方式解决纠纷。
• 若协商无果，乙方应依据合同约定或法律规定，及时采取法律手段维护自身权益，如发出催款通知、提起诉讼或申请仲裁等。

在处理此类纠纷时，建议乙方保留好相关证据材料，如竣工验收报告、合同文本、沟通记录等，以便在需要时提供有力支持。若你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。