结论：甲方在合同中约定不认可的工程量为非法工程量并拒绝结算工程款，这一行为是否违法，需结合具体情况分析，若该约定违反法律法规强制性规定或显失公平，则可能被认定为无效条款，甲方不能据此拒绝结算工程款；若该约定合法有效且符合双方真实意思表示，甲方则有权依据合同拒绝结算，但需注意举证责任及公平原则。以下从不同角度详细分析：
一、合同条款的合法性审查
法律法规强制性规定：
- 根据《民法典》等相关法律法规，合同条款不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。若甲方约定的“不认可的工程量为非法工程量”条款，实际上是对乙方完成工程量的无理否定，且没有法律依据，该条款可能因违反法律法规强制性规定而被认定为无效。
显失公平原则：
- 合同条款应当遵循公平原则，确定各方的权利和义务。若甲方利用优势地位，在合同中设置对乙方明显不公平的条款，如无理拒绝结算工程款，该条款可能因显失公平而被撤销或变更。
二、合同履行过程中的举证责任
甲方的举证责任：
- 若甲方主张乙方完成的工程量为非法工程量，并据此拒绝结算工程款，甲方需承担举证责任，证明乙方完成的工程量确实存在违法或不符合合同约定的情况。若甲方无法提供充分证据支持其主张，则应承担不利后果。
乙方的抗辩权利：
- 乙方有权对甲方的拒绝结算行为提出抗辩，要求甲方提供充分证据证明其主张。若甲方无法提供证据，乙方可以要求甲方按照合同约定结算工程款，并可能主张甲方承担违约责任。
三、实际案例与司法实践
- 在司法实践中，类似案件的处理往往取决于合同条款的具体内容、双方当事人的举证情况以及法院对公平原则的理解和适用。若合同条款明显违反公平原则或法律法规强制性规定，法院通常会倾向于保护弱势方的利益，认定该条款无效或进行变更。
四、法律建议
对于乙方：
- 在签订合同时，应仔细审查合同条款，确保条款内容合法、公平、明确。若发现甲方设置的条款存在不公平或违法情况，应及时提出异议并要求修改。
- 在合同履行过程中，应保留好相关证据，如工程量清单、验收报告等，以备不时之需。若甲方无理拒绝结算工程款，乙方可以依法向法院提起诉讼或申请仲裁。
对于甲方：
- 在设置合同条款时，应遵循公平原则，确保条款内容合法、合理、明确。避免设置对乙方明显不公平的条款，以免引发纠纷。
- 在合同履行过程中，若发现乙方完成的工程量存在问题，应及时与乙方沟通并协商解决。若无法协商解决，应依法通过诉讼或仲裁等途径解决争议。
最后，合同纠纷的处理往往涉及复杂的法律问题和事实认定。若您在此类问题上遇到困惑或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律意见和解决方案。