结论：在工程量双方确认签字后，若甲方拒付且被告不认可，法院的判决将取决于具体证据和合同条款，可能支持甲方诉求、支持被告抗辩或根据公平原则调整。以下是对此问题的详细分析：
一、法院判决的可能依据
合同条款：
- 法院首先会审查双方签订的建设工程合同，特别是关于工程量确认、付款方式和时间、违约责任等条款。
- 如果合同中明确规定了工程量确认后甲方的付款义务，以及乙方（被告）在工程量确认后无权再提出异议或拒绝付款的条款，那么法院可能会依据这些条款支持甲方的诉求。
工程量确认文件：
- 双方已经签字确认的工程量文件是关键证据。如果这份文件真实、合法、有效，且明确记载了工程量及相应的价款，那么法院通常会认可这份文件的效力。
- 然而，如果被告能提供充分证据证明工程量确认文件存在欺诈、胁迫、重大误解等情形，或者该文件违反了法律法规的强制性规定，那么法院可能会否定这份文件的效力。
实际履行情况：
- 法院还会考虑双方在实际履行合同过程中的情况，如甲方是否已按合同约定支付了部分款项，乙方是否已按确认的工程量进行了施工等。
- 如果甲方已履行了大部分付款义务，而乙方却以工程量有误为由拒绝继续履行合同或拒绝接收剩余款项，那么法院可能会倾向于支持甲方的诉求。
二、不同情况下的法院判决
支持甲方诉求的情况：
- 如果合同条款明确、工程量确认文件真实有效，且甲方已按合同约定履行了付款义务（或至少履行了大部分付款义务），而乙方却无正当理由拒绝接收剩余款项或继续履行合同，那么法院可能会判决乙方立即支付剩余款项，并可能承担违约责任。
支持被告抗辩的情况：
- 如果被告能提供充分证据证明工程量确认文件存在欺诈、胁迫、重大误解等情形，或者该文件违反了法律法规的强制性规定，导致工程量确认不真实、不合法，那么法院可能会否定这份文件的效力，并可能根据实际情况调整工程量及价款。
- 另外，如果合同中存在模糊条款或双方对合同条款的理解存在争议，且这种争议导致了工程量确认的纠纷，那么法院可能会根据公平原则、交易习惯或行业惯例等对合同条款进行解释或补充，以作出公正的判决。
根据公平原则调整的情况：
- 在某些特殊情况下，即使合同条款明确、工程量确认文件真实有效，但考虑到双方的实际履行情况、市场变化、政策调整等因素，如果继续按照原合同条款执行将显失公平，那么法院可能会根据公平原则对合同条款进行适当调整，以平衡双方的利益。
三、法律建议
- 对于甲方：在签订合同时应明确工程量确认、付款方式和时间等关键条款，并确保这些条款合法、有效、无歧义。在工程量确认后，应及时按合同约定支付款项，并保留好相关证据（如付款凭证、工程量确认文件等）。如果乙方拒绝接收款项或继续履行合同，应及时向法院提起诉讼或采取其他法律措施维护自己的权益。
- 对于乙方：在签订合同时应仔细审查合同条款，特别是关于工程量确认、付款方式和时间等关键条款。在工程量确认过程中应保持谨慎态度，确保确认的工程量真实、准确、无遗漏。如果发现工程量确认文件存在错误或不合理之处，应及时与甲方沟通协商并寻求解决方案。如果无法协商解决，应及时向法院提起诉讼或采取其他法律措施维护自己的权益。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。