结论：工程已投入使用，工地以质量不合格拒付劳动报酬，这一行为是否违法需分情况讨论，一般情况下是违法的，但若确实存在质量问题且能证明与劳动者工作直接相关，则可能不违法。以下为详细分析：
一、一般情况下，拒付劳动报酬是违法的
劳动报酬的支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是用人单位的基本义务，不因工程是否投入使用或工程质量如何而免除。
工程质量与劳动报酬的独立性：
- 工程质量问题与劳动报酬支付是两个独立的法律关系。工程质量不合格可能涉及违约责任或赔偿责任，但这并不构成拒付劳动报酬的合法理由。用人单位不能因工程质量问题而拒绝支付劳动者应得的劳动报酬。
二、特殊情况下，可能不构成违法（但需严格条件）
质量问题与劳动者工作的直接关联性：
- 如果用人单位能够证明工程质量不合格是由于劳动者的故意或重大过失造成的，并且这种不合格直接导致了工程无法投入使用或产生了重大损失，那么在这种情况下，用人单位可能有权根据劳动合同或相关法律规定，对劳动者的劳动报酬进行相应扣减或拒绝支付。但这种情况需要严格的证据支持，并且通常需要在劳动合同中有明确约定。
劳动合同或规章制度的约定：
- 如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了因劳动者原因导致工程质量不合格时的处理方式，包括拒付或扣减劳动报酬等，并且这些规定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么在这种情况下，用人单位可能有权按照约定执行。但同样，这需要严格的证据支持和合同或规章制度的合法性审查。
三、法律建议
对于劳动者：
- 如果遇到用人单位以工程质量不合格为由拒付劳动报酬的情况，首先应当查看劳动合同和用人单位的规章制度中是否有相关约定。如果没有约定或约定不明确，劳动者有权要求用人单位按照劳动合同约定和国家规定支付劳动报酬。
- 如果用人单位拒绝支付，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 用人单位应当严格遵守劳动法律法规，按时足额支付劳动者的劳动报酬。如果因劳动者原因导致工程质量不合格并产生损失，用人单位应当通过合法途径追究劳动者的责任，如要求赔偿损失等，而不是直接拒付劳动报酬。
- 用人单位在制定劳动合同和规章制度时，应当明确约定因劳动者原因导致工程质量不合格时的处理方式，并确保这些约定不违反法律、行政法规的强制性规定和公序良俗。
最后，工程已投入使用后，工地以质量不合格为由拒付劳动报酬的行为，在一般情况下是违法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。