结论前置：在项目竣工验收后，若甲方发现乙方存在偷工减料的行为，甲方确实有权采取一定的措施，包括扣减相应的工程款项，但具体能否扣钱以及扣钱的比例和方式，需依据合同条款、相关法律法规以及实际情况来综合判断。

法律背景与依据：

1. 合同条款：首先，应详细审查双方签订的建设工程合同中是否有关于工程质量、验收标准以及违约责任的具体条款。如果合同中明确规定了乙方偷工减料应承担的违约责任，包括扣减工程款等，那么甲方有权依据合同条款进行扣减。

2. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。偷工减料属于履行合同义务不符合约定的情形，甲方有权要求乙方承担违约责任。
   • 同时，如果偷工减料的行为严重到影响工程质量，甚至构成违法行为的，甲方还可以依据相关法律法规，如《中华人民共和国建筑法》等，向相关部门举报，并要求乙方承担相应的法律责任。

实际操作与建议：

1. 收集证据：甲方在发现乙方偷工减料后，应首先收集相关证据，包括但不限于现场照片、视频、检测报告等，以证明乙方确实存在违约行为。

2. 与乙方协商：在收集到足够证据后，甲方可以与乙方进行协商，要求乙方按照合同约定承担违约责任，包括扣减工程款、进行返工或修复等。

3. 寻求法律途径：如果协商无果，甲方可以依据合同条款和相关法律法规，向法院提起诉讼或申请仲裁，要求乙方承担违约责任，并赔偿因此造成的损失。

4. 注意时效性：在采取法律途径时，甲方应注意诉讼时效或仲裁时效的问题，确保在规定的期限内提起诉讼或申请仲裁。

可能的风险与后果：

• 如果甲方未经充分证据支持或未按照合同约定和法律法规的规定进行扣减工程款，可能会面临乙方提起的反诉或投诉，要求甲方支付被扣减的款项或承担其他法律责任。
• 如果偷工减料的行为导致工程质量问题严重，甚至造成人员伤亡或财产损失的，乙方还可能面临刑事责任的追究。

总结与建议：

在项目竣工验收后发现乙方偷工减料时，甲方应首先收集证据，然后与乙方进行协商，要求其承担违约责任。如果协商无果，甲方可以依据合同条款和相关法律法规，通过法律途径来维护自己的合法权益。同时，甲方也应注意在采取行动时遵守相关法律法规和合同约定，避免自身陷入法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。