建设单位依据工程验收时发现的问题是否可以扣工程款，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 合同中有明确约定：

   • 如果建设单位与施工单位在施工合同中明确约定了工程验收时发现问题的处理方式，包括扣款的具体情形、扣款比例或金额等，那么建设单位在验收时发现符合合同约定的问题时，有权依据合同约定扣除相应的工程款。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第五百零九条：“当事人应当按照约定全面履行自己的义务。”以及第五百七十七条：“当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。”

2. 合同中无明确约定：

   • 如果合同中没有明确约定工程验收时发现问题的处理方式，特别是关于扣款的具体条款，那么建设单位不能随意扣除工程款。此时，双方应协商解决，或者依据相关法律法规和行业惯例进行处理。

二、问题性质与责任归属角度

1. 施工单位责任导致的问题：

   • 如果工程验收时发现的问题是由于施工单位的原因造成的，如施工质量不达标、未按设计图纸施工等，且这些问题影响了工程的正常使用或安全性，那么建设单位有权要求施工单位进行整改，并有权根据实际情况扣除相应的工程款作为赔偿。
   • 法律依据：同样依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，施工单位应承担违约责任，包括赔偿损失等。

2. 非施工单位责任导致的问题：

   • 如果工程验收时发现的问题并非由施工单位造成，如设计缺陷、材料供应问题等，那么建设单位不能因此扣除施工单位的工程款。此时，建设单位应与其他相关责任方协商解决。

三、法律程序与证据角度

1. 建设单位需提供充分证据：

   • 无论合同是否有明确约定，建设单位在扣除工程款前，都需要提供充分的证据证明问题的存在以及该问题是由施工单位造成的。这些证据可以包括验收报告、照片、视频、检测报告等。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。

2. 施工单位有权提出异议：

   • 如果施工单位对建设单位扣除工程款的决定有异议，可以通过法律途径进行维权，如提起诉讼或申请仲裁等。在诉讼或仲裁过程中，施工单位可以提供相反的证据来反驳建设单位的主张。

四、建议与注意事项

1. 建设单位：

   • 在签订施工合同时，应明确约定工程验收时发现问题的处理方式，包括扣款的具体条款，以避免后续纠纷。
   • 在验收过程中，应严格按照合同和相关标准进行验收，并保留好相关证据。
   • 在扣除工程款前，应确保有充分的证据证明问题的存在以及该问题是由施工单位造成的。

2. 施工单位：

   • 在施工过程中，应严格按照合同和相关标准进行施工，确保工程质量。
   • 在验收过程中，应积极配合建设单位进行验收，并对验收中发现的问题及时进行整改。
   • 如果对建设单位扣除工程款的决定有异议，应及时通过法律途径进行维权。

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