竣工验收后发现质量问题，发包人有权扣留部分工程款。具体分析如下：

一. 工程质量与工程款支付的关系

1. 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十九条的规定，建设工程竣工后，发包人应当根据施工图纸及说明书、国家颁发的施工验收规范和质量检验标准及时进行验收。验收合格的，发包人应当按照约定支付价款。这表明，工程质量合格是支付工程款的前提条件。

二. 竣工验收后发现质量问题的处理

1. 如果竣工验收后发现质量问题，且这些问题并非发包人不合理使用所导致，而是承包人在施工过程中未按图纸施工或其他原因所致，那么发包人有权要求承包人承担质量责任，包括整改和修复。
2. 在此情况下，发包人可以扣留相应工程款，待承包人整改合格之后双方再行结算。这一做法在(2017)最高法民终175号案例中得到了支持，该案例明确指出，因承包人未按图纸施工导致的质量问题，发包人有权暂不处理该部分工程款，待承包人整改合格后再行结算。

三. 扣款与违约责任的承担

1. 如果承包人未能按照合同约定交付合格的建设工程，构成了根本性违约，那么发包人不仅有权扣留工程款，还可以要求承包人承担违约责任，包括赔偿损失等。
2. 根据《中华人民共和国民法典》第五百七十七条的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

综上所述，竣工验收后发现质量问题，发包人有权根据质量问题的性质和严重程度，扣留部分工程款，并要求承包人承担整改和修复的责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。