工程竣工验收后有质量问题是否可以结算，需分情况讨论，关键在于质量问题的性质、合同约定以及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细分析：
一、可以结算的情况
质量问题不影响整体验收合格
- 如果工程虽然存在局部或轻微的质量问题，但这些问题并不影响整体工程的验收合格，且合同中没有特别约定此类问题需作为结算的障碍，那么发包人仍应按照合同约定支付工程款。此时，承包人应负责修复这些质量问题，但修复费用通常由承包人自行承担，除非合同另有约定。
质量问题已通过整改并重新验收合格
- 若工程在初次验收时存在质量问题，但承包人已按照发包人或监理单位的要求进行了整改，并重新通过了验收，那么发包人应按照重新验收合格后的工程状况进行结算。这种情况下，结算应基于整改后的工程量和质量标准。
合同中有特别约定
- 如果建设工程合同中明确约定了即使工程存在某些质量问题，发包人仍需支付部分或全部工程款，或者约定了质量问题的处理方式（如扣减部分工程款作为质量保证金），那么应按照合同约定执行。
二、可能影响结算或需特殊处理的情况
质量问题严重导致工程无法使用
- 如果工程质量问题严重到导致工程无法正常使用或存在安全隐患，且承包人拒绝修复或无法修复，那么发包人有权拒绝支付工程款，并可能要求承包人承担违约责任。在这种情况下，结算将受到严重影响，甚至可能无法进行。
质量问题引发争议且无法达成一致
- 若双方对质量问题的性质、责任归属或修复费用等存在争议，且无法通过协商达成一致，那么可能需要通过法律途径解决争议。在争议解决期间，结算可能会被暂停或延迟，直到争议得到妥善解决。
三、法律依据与操作建议
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，建设工程竣工后，发包人应及时进行验收，验收合格的，应按照约定支付价款并接收工程。同时，如果工程质量不符合约定，发包人可以要求承包人承担修理、返工、改建等违约责任。
- 《建设工程质量管理条例》也强调了竣工验收是交付使用和结算的前提条件，确保了工程结算的基础质量要求。
操作建议：
- 明确合同条款：在签订建设工程合同时，双方应明确约定工程质量标准、验收程序、结算方式以及质量问题的处理方式等关键条款，以减少后续争议的可能性。
- 及时沟通协商：在工程竣工验收过程中，如果发现质量问题，双方应及时沟通协商，明确责任归属和修复方案，并尽快达成一致意见，以便顺利进行结算。
- 寻求法律帮助：如果双方无法就质量问题或结算问题达成一致意见，可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。
综上所述，工程竣工验收后有质量问题是否可以结算取决于多种因素。如果质量问题不影响整体验收合格或已通过整改并重新验收合格，且合同中没有特别约定障碍结算的条款，那么发包人仍应按照合同约定支付工程款。然而，如果质量问题严重或引发争议且无法达成一致，那么结算可能会受到影响或需要特殊处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。