在结算过程中发现质量问题，是否可以扣款需分情况讨论，具体如下：

1. 合同有明确约定
   若合同中已明确约定“验收时发现质量问题，买方有权按比例扣款”或类似条款，则可直接依据合同执行。此时需注意：

   • 扣款比例需与质量问题严重程度匹配（如轻微瑕疵扣5%，严重缺陷扣30%等）；
     
   • 需保留书面证据（如验收报告、照片、第三方检测报告等）证明质量问题存在；
     
   • 扣款前应通知对方并给予合理整改期，若对方拒绝整改或整改无效，方可扣款。

2. 合同未明确约定，但法律有规定
   根据《民法典》第582条，若质量不符合约定，受损害方可合理选择要求对方承担修理、重作、减少价款或报酬等违约责任。此时：

   • 需证明质量问题与合同标的直接相关（如货物规格不符、施工标准未达标）；
     
   • 扣款金额需合理，通常以修复成本或质量贬值部分为限（例如：货物因质量问题市场价降低20%，可主张扣款20%）；
     
   • 若对方对扣款有异议，可能需通过诉讼或仲裁解决，此时需提交质量鉴定报告等证据。

3. 特殊情形：已部分付款后发现质量问题
   若已支付部分款项，剩余款项结算时发现质量问题，仍可主张扣款，但需注意：

   • 扣款范围仅限剩余未付部分（例如：总价100万，已付80万，剩余20万中因质量问题可扣5万，则实际支付15万）；
     
   • 若质量问题严重影响使用（如建筑物主体结构不合格），可主张解除合同并要求返还已付款项，但需以司法鉴定结论为依据。

操作建议：

• 发现质量问题后，立即书面通知对方并暂停付款，避免因继续付款被认定为“默认接受质量”；
  
• 优先协商解决，协商不成时及时委托第三方检测机构出具质量报告；
  
• 扣款时明确注明“因XX质量问题扣款XX元”，并附上质量证据，避免被认定为“无故克扣”。
  

如有具体合同条款或质量细节，可进一步向我说明，我会结合实际情况分析风险点。