针对您提出的“工程质量有问题如何扣款”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，工程质量问题确实可以成为扣工程款的理由，但具体操作需依据工程质量的实际情况和相关法律法规进行。
一、扣款的前提条件
工程质量不合格：这是扣款的基本前提。必须拿出工程质量不合格的证据，如检测报告、验收不合格文件等，才能作为扣款的依据。
合同约定：查看施工合同中是否有关于工程质量问题的扣款条款。如果合同中有明确约定，那么按照合同执行即可。
二、扣款的具体方式
不支付工程价款：对于质量不合格且无法修复的工程，根据我国相关法律规定，可以不支付工程价款。
扣留质量保证金：如果质量不合格但能修复，在修复好后仍需支付价款，但可以扣留不超过百分之十的质量保证金。这部分保证金在工程到期无任何质量问题后应予以退还。
罚款：根据工程质量问题的严重程度，还可以依据相关罚款标准进行罚款。例如，一般事故（经济损失50000元以下）可处以2000-5000元罚款；严重事故（经济损失5-10万元）可处以10000-50000元罚款；重大质量事故（经济损失10万元以上）可处以5-10万元罚款，并追究相关责任人的法律责任。
三、扣款的处理程序
发现问题：在施工过程中或验收阶段，监理工程师或相关质量监督部门发现工程质量问题。
判断严重程度：监理工程师应判断质量问题的严重程度，决定是否需要返修、返工或加固补强。
签发通知：对于需要处理的质量问题，签发《监理通知》或《工程暂停令》，责成施工单位写出质量问题调查报告，提出处理方案。
审核处理方案：监理工程师审核施工单位提出的处理方案，必要时应经建设单位和设计单位认可。
实施处理：指令施工单位按既定的处理方案实施处理，并进行跟踪检查。
验收处理结果：质量问题处理完毕后，监理工程师应组织有关人员对处理的结果进行严格的检查、鉴定和验收。
扣款或罚款：根据处理结果和合同约定，进行扣款或罚款操作。
四、注意事项
保留证据：在扣款前，必须确保有充分的证据证明工程质量存在问题。
协商解决：在扣款前，尽量与施工单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
法律途径：如果双方协商不成，可以通过法律途径解决争议，如诉讼或仲裁。
综上所述，工程质量有问题时扣款需依据工程质量的实际情况、合同约定以及相关法律法规进行。在处理过程中，应确保有充分的证据、遵循规定的程序，并尽量与施工单位进行协商解决。