结论：甲方在项目采用简易计税方法时要求减少工程款是否合法，需根据具体情况判断，包括合同约定、减款理由的合法性及合理性等因素。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同有明确约定：
- 如果双方签订的工程合同中明确约定了简易计税方法下工程款的计算方式，以及甲方在特定条件下有权减少工程款，且这些条件在本案中已经满足，那么甲方要求减少工程款可能是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。双方应按照合同约定履行各自的义务。
合同无明确约定：
- 如果合同中没有明确约定简易计税方法下工程款的调整机制，或者甲方提出的减款理由不在合同约定的范围内，那么甲方单方面要求减少工程款可能缺乏合同依据，构成违约。
- 建议：在此情况下，乙方可以拒绝甲方的减款要求，并依据合同约定和法律规定维护自己的合法权益。
二、减款理由的合法性及合理性角度
合法减款理由：
- 如果甲方提出的减款理由是基于法律法规的明确规定，如乙方存在违约行为、工程质量问题等，且这些理由有充分的证据支持，那么甲方要求减少工程款可能是合法的。
- 示例：如果乙方在施工过程中使用了不符合合同约定的材料，导致工程质量不达标，甲方有权根据合同约定和法律规定要求乙方承担违约责任，包括减少工程款。
不合理减款理由：
- 如果甲方提出的减款理由缺乏合理性，如仅因市场价格波动或甲方自身资金问题而要求减少工程款，且这些理由与合同约定和法律法规无关，那么甲方要求减少工程款可能不合法。
- 建议：乙方可以要求甲方提供充分的证据支持其减款理由，如果甲方无法提供，乙方可以拒绝减款要求，并考虑通过法律途径维护自己的权益。
三、税务及财务角度
简易计税方法的影响：
- 简易计税方法是一种简化的税收计算方式，通常适用于小规模纳税人或特定行业。在简易计税方法下，工程款的计算可能受到税率、计税依据等因素的影响。
- 分析：甲方要求减少工程款时，应考虑简易计税方法对工程款计算的影响。如果减款导致乙方无法按照简易计税方法计算并缴纳税款，或者导致乙方税负增加，那么这种减款要求可能不合理。
财务合规性：
- 甲方要求减少工程款时，应确保这一要求符合财务合规性要求，如不得通过减款来逃避税收、转移资产等。
- 建议：乙方在面对甲方减款要求时，可以要求甲方提供相关的财务凭证和税务文件，以证明减款要求的合法性和合理性。
四、实际操作建议
审查合同条款：
- 乙方应仔细审查工程合同中的相关条款，特别是关于工程款计算、调整机制以及违约责任等方面的约定。
沟通协商：
- 在面对甲方减款要求时，乙方应积极与甲方进行沟通协商，了解甲方的具体需求和理由，并尝试通过友好方式解决争议。
寻求法律援助：
- 如果沟通协商无果，乙方可以寻求法律援助，咨询专业律师的意见，并根据律师的建议采取相应的法律措施维护自己的权益。
总结：甲方在项目采用简易计税方法时要求减少工程款是否合法，需根据合同约定、减款理由的合法性及合理性、税务及财务角度等多方面因素进行综合判断。乙方在面对甲方减款要求时，应仔细审查合同条款、积极沟通协商，并在必要时寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。