审计费由施工单位支付是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：
合同有约定的情况：
- 如果建设单位与施工单位在建设工程合同中明确约定了审计费的承担方，那么应严格按照合同约定执行。例如，合同中明确约定由施工单位承担审计费，那么在审计发生时，施工单位就需要支付该费用。这种情况下，施工单位支付审计费是合法的，因为双方已经通过合同形式达成了共识。
按行业惯例的情况：
- 在一些地区或特定行业，对于审计费的承担存在约定俗成的做法。通常，竣工决算审计由建设单位委托具有相应资质的中介机构进行，审计费用一般由建设单位承担。如果行业惯例如此，且合同中没有特别约定，那么施工单位支付审计费可能就不符合行业常规，但这并不直接意味着其不合法，只是可能引发争议。此时，双方应通过协商、调解等方式解决争议。
违规导致的审计费情况：
- 若因施工单位虚报工程价款等违规行为，导致审计工作量大幅增加、审计费用提高，那么增加的部分审计费用可能由施工单位承担。这种情况下，施工单位支付额外的审计费是合理的，也是合法的，因为这是对其违规行为的惩罚性措施。
法律建议：
- 在签订建设工程合同时，双方应明确审计费的承担方，以避免后续产生争议。
- 如果合同中没有明确约定，双方可以协商确定审计费的承担方，或者参考行业惯例进行确定。
- 如果因施工单位违规行为导致审计费用增加，施工单位应承担相应的费用。
可能的法律后果：
- 如果施工单位拒绝支付合同约定或行业惯例下应由其承担的审计费，建设单位可以通过法律途径追究其违约责任。
- 如果因施工单位违规行为导致审计费用增加，而施工单位拒绝支付，建设单位同样可以通过法律途径要求其承担相应的费用。
综上所述，审计费由施工单位支付是否合法，需根据合同约定、行业惯例以及过错责任等因素来综合判断。如果您在此方面遇到具体问题，可以直接向我咨询，我会根据您的实际情况提供详细的法律建议。