结论：离职后通过劳动仲裁拿到加班费，并不影响后续就补缴社保问题再次主张权利，但需注意时效、程序及证据要求。以下从法律程序、时效、操作要点三个角度展开说明：

1. 法律程序上，社保补缴与加班费仲裁可分开主张

• 加班费属于劳动报酬争议，适用《劳动争议调解仲裁法》的仲裁前置程序（即必须先申请劳动仲裁，对结果不服才能起诉）。
• 社保补缴属于行政征收范畴，通常需先向社保经办机构（如社保局）投诉，由社保部门责令用人单位补缴；若对社保部门的处理结果不服，可申请行政复议或提起行政诉讼。
  关键点：两者法律性质不同，程序独立。即使已通过仲裁拿到加班费，仍可单独就社保问题向社保部门投诉，无需再次仲裁。

2. 时效限制需注意

• 加班费仲裁时效：根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动争议申请仲裁的时效期间为1年，从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起计算（如离职后1年内）。
• 社保补缴时效：社保部门对补缴社保的追缴期限通常为2年（部分地区可能延长至3年），但若用人单位未依法缴纳社保的行为持续存在（如长期未缴），时效可能从违法行为终止之日起计算。
  建议：尽快处理社保问题，避免因超过时效导致社保部门不予受理。

3. 操作要点与证据准备

• 社保补缴流程：
  1. 携带劳动合同、工资流水、社保缴费记录等证据，向当地社保经办机构投诉；
  2. 社保部门调查后，会向用人单位发出《社保补缴通知书》；
  3. 若用人单位拒不执行，社保部门可申请法院强制执行。
• 关键证据：
  • 证明劳动关系存在的材料（如劳动合同、工作证、考勤记录）；
  • 证明工资水平的材料（如银行流水、工资条）；
  • 社保缴费记录（证明用人单位未足额缴纳或未缴纳）。

4. 特殊情况：若社保问题与加班费存在关联

• 若用人单位以“社保补贴”形式替代缴纳社保，且该补贴与加班费混同支付（如工资条中未区分），可能在仲裁或诉讼中需明确款项性质，避免重复主张。
• 若用人单位未缴社保导致你无法享受社保待遇（如医疗报销），可另行主张赔偿，但需证明损失与未缴社保的因果关系。

总结：离职后已通过仲裁拿到加班费，不影响你向社保部门投诉要求补缴社保。建议尽快整理证据，向当地社保经办机构提交投诉材料，并关注时效问题。若有复杂情况（如涉及赔偿、时效争议等），可进一步向我咨询具体操作方案。