关于“让员工开个体工商户发工资是否合法”这一问题，需要从多个角度进行详细分析，以确保回答的清晰性、准确性和深度。
一、合法性判断的核心原则
首先，要明确的是，注册个体工商户来发工资这一行为的合法性，并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。关键在于是否存在真实的业务往来、合理的商业目的以及实际的经营活动。
二、合法情况的具体分析
真实业务与合理经营：
- 如果个体工商户确实存在真实的业务往来，具备合理的商业目的，并进行了实际的经营活动，那么通过该个体工商户发放工资是正常的经营安排。
- 例如，个人作为独立经营者成立个体工商户，雇佣员工，并按照财务和税务规范为员工发放工资，同时依法缴纳相关税费，这是完全合法合规的。
劳动合同与社保缴纳：
- 个体工商户与员工应签订书面劳动合同，明确工资标准、支付方式、工作时间等条款。
- 根据《社会保险法》，有雇工的个体工商户需为员工缴纳社保（养老、医疗、失业、工伤、生育保险），这是法定义务，必须履行。
三、违法情况的具体分析
虚开发票与套取资金：
- 若个体工商户没有真实业务，却通过开具虚假发票套取资金用于发放工资，这属于虚开发票的违法行为，严重时可能构成犯罪。
- 此类行为将面临税务部门的罚款，甚至可能被追究刑事责任。
逃避税收与法定义务：
- 通过注册个体工商户故意混淆收入性质、隐匿真实收入，以逃避个人所得税、社保等法定义务，是违法的。
- 税务机关有权进行调查，要求补缴税款、加收滞纳金，并处以罚款。
违反劳动法规：
- 利用个体工商户名义不遵守劳动法律法规，如不给员工缴纳社保、恶意拖欠工资等，损害员工合法权益，也是违法的。
- 劳动部门将依法进行查处，保护员工的合法权益。
法律地位与责任风险：
- 根据《民法典》规定，个体工商户的债务由个人或家庭财产承担。
- 若公司为员工开设个体工商户用于发工资，可能使员工承担不必要的法律风险，如债务纠纷等。
四、对员工的潜在影响
- 员工若被迫注册个体工商户以接收工资，将失去原本作为员工应享受的待遇和保障，包括劳动合同保护、社保福利等。
- 此外，个体工商户还面临无法转让、融资、上市等限制，以及合作客户不稳定等问题，这些都可能对员工的职业发展产生不利影响。
五、综合建议
用人单位：
- 应遵循合法、合规的原则发放工资，确保员工的合法权益得到保障。
- 避免利用个体工商户进行违法操作，以免面临法律风险和经济损失。
员工：
- 应提高警惕，维护自己的合法权益，拒绝参与任何违法活动。
- 如遇到用人单位要求注册个体工商户以接收工资的情况，应咨询专业律师或劳动部门，了解自己的权益和应对策略。
总结：让员工开个体工商户发工资的合法性需根据具体情况判断。用人单位应严格遵守劳动法规和税务规定，确保工资发放的合法性和合规性。员工也应提高警惕，维护自己的合法权益。