公司用个体工商户发工资的合法性需根据具体情况判断，以下从不同角度为你详细分析：

一、合法情况

如果个体工商户有真实的业务往来，具备合理的商业目的，并进行了实际的经营活动，那么通过该个体工商户发放工资是正常的经营安排。例如，个人作为独立经营者成立个体工商户，雇佣员工，并按照财务和税务规范为员工发放工资，同时依法缴纳相关税费，这是完全合法合规的。这种情况下，个体工商户作为用人单位，与员工之间建立了合法的劳动关系，工资发放也符合相关法律法规的要求。

二、违法情况

1. 虚开发票与套取资金

   • 若个体工商户没有真实业务，却通过开具虚假发票套取资金用于发放工资，这属于虚开发票的违法行为，严重时可能构成犯罪。此类行为将面临税务部门的罚款，甚至可能被追究刑事责任。比如，个体工商户与某公司并无实际业务往来，却为该公司开具了大量发票，并将套取的资金用于发放员工工资，这就构成了虚开发票的行为。

2. 逃避税收与法定义务

   • 通过注册个体工商户故意混淆收入性质、隐匿真实收入，以逃避个人所得税、社保等法定义务，是违法的。税务机关有权进行调查，要求补缴税款、加收滞纳金，并处以罚款。例如，个体工商户将员工的工资收入拆分为多个部分，一部分通过个体工商户账户发放，另一部分则通过私人账户发放，且不将私人账户发放的部分纳入纳税申报，这就属于逃避税收的行为。

3. 违反劳动法规

   • 利用个体工商户名义不遵守劳动法律法规，如不给员工缴纳社保、恶意拖欠工资等，损害员工合法权益，也是违法的。劳动部门将依法进行查处。比如，个体工商户以经营困难为由，长期拖欠员工工资，且未按照规定为员工缴纳社保，这就违反了劳动法规的相关规定。

4. 法律地位与责任风险

   • 根据《民法典》规定，个体工商户的债务由个人或家庭财产承担。若公司为员工开设个体工商户用于发工资，可能使员工承担不必要的法律风险。例如，个体工商户在经营过程中产生了债务纠纷，而员工作为个体工商户的“经营者”（实际上可能是受公司指使注册的），可能需要承担相应的债务责任。

5. 社会保险与税务问题

   • 依据《社会保险法》和《税收征收管理法》，用人单位应按时足额缴纳社会保险费，并进行税务登记。通过个体工商户规避这些义务是违法的，将导致法律处罚。比如，个体工商户未按照规定为员工缴纳社保，且未进行税务登记或未如实申报纳税，这就违反了社会保险法和税收征收管理法的相关规定。

三、对员工的潜在影响

员工若被迫注册个体工商户以接收工资，将失去原本作为员工应享受的待遇和保障，包括劳动合同保护、社保福利等。此外，个体工商户还面临无法转让、融资、上市等限制，以及合作客户不稳定等问题。这些问题都可能对员工的职业发展和生活保障产生不利影响。

四、综合建议

1. 对于公司而言：应严格遵守相关法律法规，确保工资发放的合法性和合规性。避免利用个体工商户进行违法操作，以免面临法律风险和经济损失。如果确实需要成立个体工商户进行经营活动，应确保个体工商户具备真实的业务往来和合理的商业目的，并依法履行税务和社保义务。

2. 对于员工而言：应提高警惕，维护自己的合法权益。在接收工资时，应要求公司通过正规的公司账户发放工资，并确保工资发放的透明度和规范性。如果发现公司存在利用个体工商户发放工资等违法行为，应及时向相关部门反映并寻求法律帮助。

如果你或你身边的人遇到了类似的问题，或者有其他劳动纠纷、离婚方面的法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。